Hyppää sisältöön

Significant changes to Puhti & Mahti authentication coming in April! Read about the SSH key and multi-factor authentication requirements.

tags: - Free

Bowtie2

Bowtie2 on erittäin nopea ja vähän muistia käyttävä lyhyiden lukujen kohdistustyökalu. Se kohdistaa lyhyet DNA-sekvenssit (luennat) ihmisen genomiin nopeudella yli 25 miljoonaa 35-bp lukua tunnissa. Bowtie2 käyttää Burrows-Wheeler -indeksiä genomin indeksoimiseen, jotta muistijalanjälki pysyy pienenä: tyypillisesti noin 2,2 Gt ihmisen genomille (2,9 Gt paarikohtaiseen kohdistukseen).

Saatavilla on kaksi Bowtien versiota: Bowtie2 ja Bowtie. Uudempi Bowtie2 eroaa merkittävästi esisarjastaan Bowtie:stä. Esimerkiksi komentorivin vaihtoehdot ovat erilaiset näille kahdelle työkalulle.

Lisenssi

Vapaa käyttää ja avoimen lähdekoodin GNU GPLv3 -lisenssillä.

Saatavilla

  • Puhti: 2.3.5.1, 2.4.1, 2.4.4, 2.5.3
  • Graafinen käyttöliittymä Chipster

Käyttö

Puhtissa Bowtie2 voidaan ottaa käyttöön osana biokit-moduulikokoelmaa:

module load biokit

Biokit-moduuli asentaa valikoiman yleisesti käytettyjä bioinformatiikan työkaluja, mukaan lukien Bowtie2. Huomaa kuitenkin, että Puhtissa on muita bioinformatiikan työkaluja, joita käytetään erillisellä asennuskomennolla.

Tyypillisessä Bowtie2-ajossa sinun on ensin indeksoitava referenssigenomi bowtie2-build-komennolla. Tämä pitäisi tehdä "scratch"-hakemistossa kodin sijaan. Esimerkiksi:

bowtie2-build genome.fa genome

Vaihtoehtoisesti voit käyttää chipster_genomes-komentoa ladataksesi valmiiksi lasketut bowtie2-indeksit CSC:n Chipster-palvelimelta Puhtiin:

chipster_genomes bowtie2

Kun referenssigenomi on ladattu tai indeksoitu, varsinainen kohdistustyö voidaan käynnistää bowtie2-komennolla. Yksikertaisten lukuparien osalta tämä voidaan tehdä seuraavasti:

bowtie2 -x genome -U reads.fq -S output.sam

Paariparilliselle datalle minimaalinen Bowtie2-syntaksi on:

bowtie2 -x genome -1 first_read_set.fq -2 second_read_set.fq -S output.sam

Esimerkki eräajotiedosto Puhtille

Puhtissa bowtie ja bowtie2 -työt tulee suorittaa eräajona. Alla on esimerkki eräajotiedostosta, joka suorittaa Bowtie2-paarikohtaisen kohdistuksen Puhtilla. Uudet Bowtie2-versiot skaalautuvat hyvin, joten voit tehokkaasti käyttää jopa 16 ydintä eräajossasi.

Huomaa, että eräajotiedoston on määritettävä käytettävä projekti. Voit tarkistaa kaikki projektit, joihin kuulut, komennolla groups tai csc-projects. Käytä MyCSC -sivustoa saadaksesi tarkempia tietoja tietystä projektista.

#!/bin/bash -l
#SBATCH --job-name=bowtie2
#SBATCH --output=output_%j.txt
#SBATCH --error=errors_%j.txt
#SBATCH --time=04:00:00
#SBATCH --partition=small
#SBATCH --ntasks=1
#SBATCH --nodes=1
#SBATCH --cpus-per-task=16
#SBATCH --account=project_123456
#SBATCH --mem=16000

module load biokit
bowtie2-build genome.fasta genome
bowtie2 -p $SLURM_CPUS_PER_TASK -x genome -1 reads_1.fq -2 reads_2.fq > output.sam

Yllä olevassa eräajon esimerkissä suoritetaan yksi tehtävä (--ntasks=1). Bowtie2-työ käyttää 16 ydintä (--cpus-per-task=16) yhteensä 16 GB muistia (--mem=16000). Työn enimmäiskesto on neljä tuntia (--time=04:00:00). Kaikki ytimet ovat yhdeltä laskentasolmultra (--nodes=1). Esimerkissä käytettävä projekti on project_123456. Tämä arvo pitäisi korvata oman laskentaprojektisi nimellä.

Voit lähettää eräajotiedoston eräajojärjestelmään komennolla:

sbatch batch_job_file.bash

Katso lisätietoja eräajojen suorittamisesta Puhtin käyttäjän oppaasta.

Viittaukset

Kun käytät Bowtie2:ta, viittaa:

Langmead B, Salzberg S. Fast gapped-read alignment with Bowtie 2. Nature Methods. 2012, 9:357-359.

Tuki

CSC palvelupiste

Lisätietoja

Lisätietoja Bowtie2:sta löytyy Bowtie2 kotisivulta.