Hyppää sisältöön

Significant changes to Puhti & Mahti authentication coming in April! Read about the SSH key and multi-factor authentication requirements.

tags: - Academic

CSD

Cambridge Structural Database on kokoelma pienimolekyylisiä orgaanisia ja organometallisia kiteisiä rakenteita, jotka on määritetty röntgen- ja neutrodiffraktiotekniikoilla.

Lisenssi

CSC tarjoaa kansallisen lisenssin, joka sallii rajattomat asennukset yliopistoissa ja voittoa tavoittelemattomissa tutkimuslaitoksissa akateemiseen käyttöön, sekä pääsyn WebCSD:hen laitoksen IP-osoitealueilta. Tällä hetkellä seuraavilla yliopistoilla on pääsy CSD:hen: Aalto, Helsinki, Oulu, Itä-Suomi, Jyväskylä, Turku, Åbo Akademi, Lappeenrannan teknillinen yliopisto, Puolustusvoimien teknikoryhmä. Jos haluat lisätä yliopistosi tai tutkimuslaitoksesi, täytä Lisenssisopimus ja ota yhteyttä palvelupisteeseen

CSD-komponenttien käyttö edellyttää noudattamaan näitä ehtoja.

Saatavilla

  • Puhti: 2022.2, 2023.2
  • Lataa ja asenna paikallisesti

Suorita module spider ccdc nähdäksesi moduuliversiot ja miten ne ladataan.

Käyttö

Cambridge Structural Database System sisältää kaksi pääkomponenttia:

  • Cambridge Structural Database (CSD)
  • Ohjelmisto hakua, hakua, näyttöä ja CSD:n sisällön analysointia varten: ConQuest, VISTA, PreQuest, Superstar, Mercury, GOLD ja CSD-CrossMiner.

Ohjelmisto CSD-merkintöjen käyttöön ja analysointiin:

  • ConQuest haku- ja nouto-ohjelmisto
  • Mercury graafinen tiedon näyttö, analyysi ja visualisointi
  • Hermes Päägraafinen käyttöliittymä analyysityökaluille
  • CSD-Editor Oman tietokannan luontityökalut (aiemmin PreQuest)
  • IsoStar Välivuorovaikutusten tietokanta
  • Mogul Molekyyligeometrian tietokanta
  • SuperStar Ennustaa proteiini-ligandi -vuorovaikutuksia käyttämällä kokeellista tietokantaa
  • WebCSD selaimen pääsy CSD-tietokantaan
  • CrossMiner monipuolinen vuorovaikutteinen farmakoforikyselytyökalu
  • DASH Kideaineen rakenteiden ratkaisu pulveridiffraatiotiedosta vuorovaikut­teisesti (vain Windowsille)

On kolme tapaa käyttää CSD-järjestelmää:

CSD:n käyttö paikallisena asennuksena

Asennusmedia voidaan ladata CCDC:n verkkosivustolta, mutta vaatii laitoksen numeron ja yliopiston vahvistuskoodin. Asennuksen jälkeen sinun täytyy aktivoida tuote. Saadaksesi tarvittavat koodit, ota yhteyttä joko CSC:n palvelupisteeseen tai paikalliseen CSD:n ylläpitäjään yliopistossasi. Tämä on suositeltu tapa tehokäyttäjille. Täysimittainen asennus vie noin 18 GB levytilaa.

CSD:n käyttäminen Puhtissa

Avaa Puhtin verkkokäyttöliittymä verkkoselaimella ja kirjaudu sisään CSC-käyttäjätililläsi.

  1. Sieltä käynnistä Työpöytä.
  2. Avaa pääte ja siirry sopivaan työhakemistoon.
  3. Lataa CSD-moduuli komennolla module load ccdc.

Nyt sinulla on pääsy CSD-ohjelmiin, kuten ConQuest, Hermes, Mercury ja Mogul. Suorita ne kirjoittamalla terminaaliin cq, hermes, mercury tai mogul. Huomaa, että graafisen käyttöliittymän suorituskyky voi olla jonkin verran hitaampi verrattuna paikalliseen asennukseen.

GOLD on oma kohtansa Docs CSC:ssa.

WebCSD:n käyttäminen suoraan selaimella

WebCSD-palvelu tarjoaa suurimman osan hakutoiminnoista suoraan selaimen kautta lisensoidun yliopiston IP-alueelta. Pääsy ei vaadi lisäautentikointia. Jos ongelmia ilmenee, ota yhteyttä CSC:n palvelupisteeseen.

Viitteet

Uusia ohjelmistoja Cambridge Structural Database -tietokannan hakuun ja kiderakenteiden visualisointiin
I. J. Bruno, J. C. Cole, P. R. Edgington, M. Kessler, C. F. Macrae, P. McCabe, J. Pearson ja R. Taylor, Acta Crystallogr., B58, 389-397, 2002

Ohjelmakohtaiset viitteet löytyvät jokaisesta osasta online-dokumentaatio ja resurssit

Lisätietoa

Tuotekohtaiset UKK ja hyödyllisiä ohjekirjoja, tutoriaaleja ym. ovat saatavilla CSD-verkkosivustolla.