tags: - Academic
GOLD
GOLD on telakointiohjelma, joka ennustaa, miten joustavat molekyylit sitoutuvat proteiineihin. GOLD käyttää geneettistä algoritmimenetelmää proteiini-ligandi-telakointiin ja mahdollistaa sekä ligandien että proteiinien osittaisen joustavuuden.
Available
- Puhti: 2022.2, 2023.2
- Lataa ja asenna paikallisesti
Suorita module spider ccdc nähdäksesi moduuliversiot ja kuinka ne ladataan.
License
Lisenssi kattaa akateemisen käytön yliopistoissa ja voittoa tavoittelemattomissa tutkimuslaitoksissa. Katso lisätietoja CSD-sivultamme.
Usage
GOLD on osa Cambridgen kiteytystietokantajärjestelmää. Katso CSD-sivultamme asennus- ja aktivointiohjeet.
GOLDia voidaan käyttää joko komentoriviltä tai graafisen käyttöliittymän (GUI) kautta, jota kutsutaan nimellä Hermes. Paras tapa suorittaa GUI etänä Puhti-järjestelmässä on käyttää Puhti web-käyttöliittymää työpöydällä. GOLD-interaktiivisen ympäristön asettamiseksi avaa terminaali ja suorita:
Tämä lataa uusimman version CSD:stä ja GOLDista. Voit suorittaa GOLDin kirjoittamalla joko hermes ja siirtymällä GOLD-välilehteen tai vaihtoehtoisesti suorittamalla gold, joka avaa suoraan Hermeksen GOLD-opastajan. Huomaa, että GUI:n suorituskyky voi olla hieman hitaampi verrattuna paikalliseen asennukseen.
Pidemmät (ei-interaktiiviset) työt on parasta suorittaa eräajoina:
#!/bin/bash -l
#SBATCH --partition=small
#SBATCH --ntasks=1
#SBATCH --account=<project>
#SBATCH --time=0:30:00 # time as `hh:mm:ss`
module load ccdc
gold_auto gold.conf
Huom
Useiden ligandien telakointiin rinnakkain, tutustu Python-skriptiin gold_multi CSD Python API skriptivarastossa.