tags: - Ilmainen
InterProScan
InterProScan on työkalu, joka vertaa proteiini- tai nukleotidisekvenssejä joukkoon proteiinisignatuureja sisältäviä tietokantoja. Saatuja tuloksia eri tietokannoista annetaan yhtenäisessä muodossa. CSC:n InterProScan5-asennusta voidaan käyttää seuraavien tietokantojen proteiinisignatuurien etsintään:
- TIGRFAM (15.0)
- SFLD (4)
- SUPERFAMILY (1.75)
- PANTHER (15.0)
- Gene3D (4.3.0)
- Hamap (2020_05)
- Coils (2.2.1)
- ProSiteProfiles (2021_01)
- SMART (7.1)
- CDD (3.18)
- PRINTS (42.0)
- PIRSR (2021_05)
- ProSitePatterns (2021_01)
- AntiFam (7.0)
- Pfam (34.0)
- MobiDBLite (2.0)
- PIRSF (3.10)
Lisenssi
Vapaa ja avoimen lähdekoodin ohjelma Apache License 2.0 alaisuudessa.
Saatavilla
- Puhti: 5.55-88.0, 5.67-90.0
Käyttö
Puhti-järjestelmässä ladataan ensin interproscan-moduuli komennolla:
Tämän jälkeen voit lähettää InterProScan-tehtävät käyttäen komentoa cluster_interproscan. Cluster_interproscan on apuväline, joka suorittaa automaattisesti InterProScan-tehtäväsi Puhtin erätehtäväjärjestelmän avulla. Jos kyselytiedostosi sisältää useita sekvenssejä, cluster_interproscan-työkalu jakaa automaattisesti InterProScan-tehtävät useisiin alatehtäviin, jotka suoritetaan samanaikaisesti Puhtissa.
cluster_interproscan hyväksyy kaikki normaalit InterProScan-vaihtoehdot. Tarkista käytettävissä olevat vaihtoehdot antamalla komento:
Alla on kaksi esimerkkikomentoa InterProScan-ohjelmasta
- Suorittamalla InterProScan-hakua nukleotidisekvenssijoukolla kaikkia InterProScan-tietokantoja vastaan. Tulokset raportoidaan XML-muodossa.
- Suorittamalla InterProScan-hakua proteiinisekvenssijoukolla PfamA-tietokantoja vastaan. Tulokset raportoidaan GFF3-muodossa. GFF3-muunnos vaatii enemmän muistia kuin mitä Puhtin kirjautumissolmuilla on saatavilla, joten sinun tulisi lähettää interporosacn-tehtävä interaktiivisesta erätehtävästä vähintään 4 GiB muistilla.