---

tags: - Free

---

MACS2/3

MACS (Model-based Analysis of ChIP-Seq) on analysointityökalu NGS ChIP-Seq -datalle. MACS mallintaa empiirisesti sekvensoitujen ChIP-fragmenttien pituuden ja käyttää sitä ennustettujen sitoutumiskohtien spatiaalisen resoluution parantamiseen.

MACS käyttää myös dynaamista Poisson-jakaumaa tehokkaasti paikallisten harhojen tunnistamiseen genomisekvenssissä, mikä mahdollistaa herkempien ja kestävämpien ennusteiden tekemisen. MACS:ä voidaan käyttää ChIP-Seq:ssä joko kontrollinäytteiden kanssa tai ilman.

• MACS2/3
  • Lisenssi
  • Saatavilla
  • Käyttö
  • Lisätietoa

Lisenssi

Vapaa käyttää ja avoimen lähdekoodin alla BSD 3-Clause License.

Saatavilla

• Puhti: 2.2.7.1, 3.0.0a7, 3.0.1
• Chipster graafinen käyttöliittymä

Käyttö

Tarkista asennettu versio Puhtissa antamalla komento:

module spider macs

MACS2 tai MACS3 -komentojen asettamiseksi puhti, anna komento:

module load macs/<version>

Esimerkiksi

Tämän jälkeen voit aloittaa MACS:in antamalla komennon:

module load macs/2.2.7.1
macs2 -h

tai

module load macs/3.0.1
macs3 -h

Lyhyitä MACS-töitä voidaan suorittaa interaktiivisina erätöinä Puhtissa. Pidemmät työt tulee ajaa erätöinä.

Lisätietoa

• MACS2 GitHubissa
• MACS3 GitHubissa

Onko tämä sivu hyödyllinen?

Kyllä

Kiitos palautteestasi!

Ei

Kiitos! Arvostamme palautettasi.

Please let us know how we could improve this page by contacting us or by creating an issue in GitHub. You can also edit this page yourself and contribute your improvements by creating a pull request.