tags: - Free
Megahit
Megahit on erittäin nopea kokoamistyökalu metagenomiikka-aineistolle.
Lisenssi
Vapaa käyttää ja avoimen lähdekoodin ohjelma GNU GPLv3 lisenssillä.
Saatavilla
- Puhti: 1.2.9
Käyttö
Puhtissa Megahit aktivoidaan lataamalla biokit-ympäristö:
Käyttöohjeen saat komennolla:
Metagenomiikka-aineiston kokoaminen voi olla erittäin resurssivaatimuksista. Huomaa, ettei Meghitä tule ajaa Puhtin kirjautumissolmuilla. Suosittelemme ajamaan Megahitin erätyönä todellisia analyysitehtäviä varten.
Esimerkki Megahit-erätyöstä:
#!/bin/bash
#SBATCH --job-name=Megahit
#SBATCH --account=<project>
#SBATCH --time=12:00:00
#SBATCH --ntasks=1
#SBATCH --nodes=1
#SBATCH --output=megahit_out_8
#SBATCH --error=megahit_err_8
#SBATCH --cpus-per-task=8
#SBATCH --mem=32G
#SBATCH --partition=small
module load biokit
srun megahit -1 reads_1.fastq -2 reads_2.fastq -t $SLURM_CPUS_PER_TASK --m 32000000000 -o result_directory
Yllä olevassa esimerkissä <project> pitäisi korvata projektisi nimellä. Voit käyttää csc-projects tarkistaaksesi CSC-projektisi. Maksimiaika on asetettu 12 tunniksi (--time=12:00:00). Koska Megahit käyttää rinnakkaistusta säikeiden avulla, se käsitellään yhtenä työjoukkona, joka pitäisi suorittaa yhdellä solmulla (--ntasks=1, --nodes=1). Työ varaa kahdeksan ydintä (--cpus-per-task=8), jotka voivat käyttää yhteensä enintään 32 GB muistia (--mem=32G). Huomaa, että käytettävien ytimien määrä tulee määritellä myös varsinaisessa Megahit-komennossa. Tämä tehdään Megahit-vaihtoehdolla -t. Tässä tapauksessa käytämme $SLURM_CPUS_PER_TASK-muuttujaa, joka sisältää --cpus-per-task arvon (voisimme yhtä hyvin käyttää -t 8, mutta silloin meidän on muistettava muuttaa arvoa, jos varattujen suorittimien määrä muuttuu).
Työ lähetetään erätehtäväjärjestelmään sbatch-komennolla. Esimerkiksi, jos erätiedoston nimi on megahit_job.sh, lähetyskomento on:
Lisätietoja erätehtävien ajamisesta löytyy Puhtin käyttäjäoppaan erätehtäväosiosta.