Hyppää sisältöön

Significant changes to Puhti & Mahti authentication coming in April! Read about the SSH key and multi-factor authentication requirements.

tags: - Free

Mothur

Mothur on bioinformatiikkatyökalu mikrobiekologiaan liittyvän data-analyysin tarpeisiin.

Lisenssi

Vapaa käyttää ja avoimen lähdekoodin GNU GPLv3 -lisenssin alla GNU GPLv3.

Saatavilla

  • Puhti: 1.39.5, 1.44.0, 1.48.0, 1.48.2
  • Chipster graafinen käyttöliittymä

Käyttö

Mothurin oletusversion alustaminen Puhtilla:

module load mothur

Kaikkien saatavilla olevien versioiden näkeminen:

module spider mothur

Tietyn version lataaminen:

module load mothur/1.48.0

Mothurin ajaminen interaktiivisessa tilassa, käytä sinteractive.

sinteractive --account=project_1234567 -m 8000
module load mothur
mothur

Jos analyysisi vie paljon aikaa tai haluat käyttää useampia ytimiä, sinun tulisi ajaa Mothur erätehtävänä.

Aloita keräämällä Mothur-komennot komennotiedostoon käyttääksesi Mothuria erätilassa.

Kun sinulla on toimiva Mothur-komennotiedosto, voit tarvittaessa käynnistää Mothur-töitä, joiden suoritus kestää useita päiviä.

Alla on esimerkki Mothur-erätehtävätiedostosta. Tässä esimerkissä oletamme, että Mothur-komennot ovat tiedostossa my_mothur_task.txt.

#!/bin/bash
#SBATCH --account=project_1234567
#SBATCH --job-name=mothur
#SBATCH --output=output_%j.txt
#SBATCH --error=errors_%j.txt
#SBATCH --ntasks=1
#SBATCH --cpus-per-task=1
#SBATCH --mem=32G
#SBATCH --time=48:00:00
#SBATCH --partition=small

module load mothur
mothur my_mothur_task.txt

Jos haluat käyttää useampia ytimiä, säädä parametriä --cpus_per_task. Sinun on myös säädettävä processors-parametria jokaisessa Mothur-komennotiedoston komennossa vastaavasti. Huomaa, että vain osa Mothur-komennoista voi käyttää useampia ytimiä. Tarkista dokumentaatiosta, sisältääkö komento processors-asetuksen.

Mothur-töiden on määrä ajaa yhdellä solmulla, joten Puhtin maksimiydinmäärä on 40. Tarkista skaalautuvuus ennen suurten töiden lähettämistä. Monet Mothur-tehtävät eivät skaalaudu kovin hyvin muutamaa ydintä pidemmälle. Liian monen ytimen käyttäminen voi jopa hidastaa työsi suoritusta.

Yllä kuvattu erätehtäväskenaario (tässä tapauksessa nimettynä mothur_batch_job.sh) voidaan lähettää erätehtäväjärjestelmään komennolla:

sbatch mothur_batch_job.sh

Katso lisätietoja erätehtävien ajamisesta Puhti-käyttäjän oppaasta.

Tuki

CSC Service Desk

Lisätietoja