Hyppää sisältöön

Significant changes to Puhti & Mahti authentication coming in April! Read about the SSH key and multi-factor authentication requirements.

tags: - Free

MrBayes

MrBayes on ohjelma Bayesiläiseen päättelyyn fylogenetiikan alalla.

Lisenssi

Vapaa käyttö ja avoin lähdekoodi GNU GPLv3 -lisenssillä.

Saatavuus

  • Puhti: 3.2.7a

Käyttö

Tarkistaaksesi saatavilla olevat versiot, käytä:

module spider mrbayes

Ladataksesi tietyn version:

module load mrbayes/3.2.7a

Kun moduuli on ladattu, sarjaversio (eli yksiprosessorinen) käynnistyy komennolla:

mb

Rinnakkainen versio käynnistyy komennolla:

mb-mpi

Kun käytät rinnakkaisversiota, sinun tulisi huomioida, että MrBayes jakaa yhden ketjun yhdelle ytimelle, joten optimaalista suorituskykyä varten sinun tulisi käyttää yhtä monta ydintä kuin työsi kokonaisketjumäärä. Jos esimerkiksi olet määritellyt nchains=4, nruns=2, sinun tulisi käyttää 4 * 2 = 8 ydintä.

Eräajot

MrBayes-analyysin suorittaminen saattaa viedä runsaasti suorituskykyaikaa ja muistia. On suositeltavaa ajaa se erätyöjärjestelmän kautta Puhtissa. Lyhyemmät testiajoit voidaan ajaa interaktiivisessa tilassa käyttäen sinteractive. Sarjaversiota suositellaan interaktiiviseen käyttöön.

Eräajon suorittamiseksi sinun pitää:

  1. Kirjoittaa MrBayes-komentotiedosto (tässä mb_com.nex) tai sisällyttää MrBayes-komentolohko .nex-tiedostoon. Lisätietoja saat MrBayesin käsikirjan kappaleesta 5.5.1.
  2. Kirjoittaa eräajotiedosto (tässä mb_batch)
  3. Varmistaa, että sinulla on kaikki syötetiedostot (tässä primates.nex)
  4. Lähettää työsi jonoon

MrBayes-komentotiedoston tulisi sisältää komennot, jotka kirjoittaisit MrBayesissa interaktiivisessa tilassa. Tämä esimerkki suorittaa analyysin, joka mainitaan MrBayes 3.2 käsikirjan kappaleessa 2.

begin mrbayes;
    set autoclose=yes nowarn=yes;
    execute primates.nex;
    lset nst=6 rates=invgamma;
    mcmc nchains=4 nruns=2 ngen=20000 samplefreq=100 printfreq=100 diagnfreq=1000;
    sump;
    sumt;
end;

Alla on esimerkki eräajotiedostosta Puhtille 8 ytimen käytöllä. Käytämme 8 ydintä, koska esimerkissämme on nchains=4, nruns=2, eli 4 * 2 = 8.

#!/bin/bash
#SBATCH --account=<project>
#SBATCH --job-name=my_mrbjob
#SBATCH --error=my_mrbjob_err%j
#SBATCH --output=my_mrbjob_out%j
#SBATCH --ntasks=8
#SBATCH --cpus-per-task=1
#SBATCH --mem-per-cpu=4000
#SBATCH --time=01:00:00
#SBATCH --partition=small

srun mb-mpi mb_com.nex >log.txt

Lähettääksesi työn Puhtiin:

sbatch mb_batch

Lisätietoa