tags: - Free
Nextflow
Nextflow on tieteellinen työnkulun hallintajärjestelmä, jolla luodaan skaalautuvia, kannettavia ja toistettavia työnkulkuja. Se on groovy-pohjainen kieli, jolla ilmaistaan koko työnkulku yhdessä skriptissä, ja se tukee myös muiden kielten kuten R, bash ja Python skriptien ajoa (Snakemake-säännön script/run/shell-ohjeen kautta).
Saatavilla
CSC:n palvelimilla saatavilla olevat versiot
- Puhti: 21.10.6, 22.04.5, 22.10.1, 23.04.3, 24.01.0-edge.5903, 24.10.0
- Mahti: 22.05.0-edge, 24.04.4
- LUMI: 22.10.4
Kiinnitä huomiota Nextflow-version käyttöön
Huomioi, että versio 23.04.3 alkaen tukee vain DSL2:lle rakennettuja putkia. Voit palata aiempiin versioihin DSL1-yhteensopiville putkille.
Lisenssi
Nextflow on julkaistu Apache 2.0 -lisenssillä.
Käyttö
Nextflow LUMIssa
Päästäksesi käsiksi CSC:n moduuleihin LUMIssa, muista ensin ottaa käyttöön CSC:moduulipuu komennolla
Nextflow aktivoidaan lataamalla nextflow-moduuli:
Oletusversio on yleensä uusin. Valitse Nextflow-versio oman putkesi vaatimusten mukaisesti. Suositellaan, että Nextflow-moduuli ladataan version kanssa toistettavuuden vuoksi. Jotta saat ladattua nextflow-moduulin tiettyyn versioon:
Käyttöohjeita varten käytä komentoa:
Lisätietoja löytyy CSC:n Nextflow-oppaasta.
Viittaukset
Jos käytät Nextflow'ta työssäsi, viittaa seuraavasti:
Di Tommaso, P., Chatzou, M., Floden, E. et al. Nextflow mahdollistaa toistettavat laskennalliset työnkulut. Nat. Biotechnol. 35, 316–319 (2017). https://doi.org/10.1038/nbt.3820