tags: - Free
NWChem
NWChem tarjoaa monia eri menetelmiä molekyylien ja jaksollisten järjestelmien ominaisuuksien laskemiseen käyttämällä elektronisen aaltotoiminnon tai tiheyden standardikvanttimekaanista kuvausta. Lisäksi NWChem kykenee suorittamaan klassista molekyylidynamiikkaa ja vapaan energian simulointeja. Näitä lähestymistapoja voidaan yhdistää suorittamaan seka kvanttiteknisiä ja molekyylitekniikan simulointeja.
Saatavilla
- Puhti: 7.0.0
- Mahti: 7.0.0
Lisenssi
- Koodi jaetaan avoimen lähdekoodin ehtojen mukaisesti Educational Community License version 2.0 (ECL 2.0).
Käyttö
Tarkista, mitkä versiot ovat suositeltuja:
Eräajon esimerkki Puhti
#!/bin/bash
#SBATCH --partition=test
#SBATCH --nodes=2
#SBATCH --ntasks-per-node=40 # MPI tehtävät per kone
#SBATCH --account=<project> # lisää tähän laskutettava projekti
#SBATCH --time=00:10:00 # aika `hh:mm:ss`
module load nwchem/7.0.0
export NWCHEM_RUN=$PWD/NWCHEM_RUN_$SLURM_JOB_ID
mkdir -p $NWCHEM_RUN
export SCRATCH_DIR=$NWCHEM_RUN
srun $NWCHEM_EXE test.nw > test_$SLURM_NPROCS.out
seff $SLURM_JOBID
Huom
Erityisesti jotkut edistyneemmistä elektronikorrelaatiolaskuista voivat olla hyvin levy I/O intensiivisiä. Tällaiset työt hyötyvät Puhti-nopeasta paikallisesta tallennustilasta. Paikallisen levyn käyttäminen tällaisissa töissä vähentää myös kuormitusta Lustre rinnakkaistiedostojärjestelmään.
Eräajon esimerkki Puhti paikallista levyä käyttäen
#!/bin/bash
#SBATCH --partition=large
#SBATCH --nodes=2
#SBATCH --ntasks-per-node=40 # MPI tehtävät per kone
#SBATCH --account=<project> # lisää tähän laskutettava projekti
#SBATCH --time=00:10:00 # aika `hh:mm:ss`
#SBATCH --gres=nvme:100 # pyydetty paikallinen levytallinen tila GB
module load nwchem/7.0.0
export NWCHEM_RUN=$LOCAL_SCRATCH
mkdir -p $NWCHEM_RUN
export SCRATCH_DIR=$NWCHEM_RUN
srun $NWCHEM_EXE test.nw > test_$SLURM_NPROCS.out
seff $SLURM_JOBID
Eräajon esimerkki Mahti
#!/bin/bash -l
#SBATCH --partition=test
#SBATCH --nodes=1
#SBATCH --ntasks-per-node=128
#SBATCH --account=<project> # lisää tähän laskutettava projekti
#SBATCH --time=00:10:00 # aika `hh:mm:ss`
module load nwchem/7.0.0
export NWCHEM_RUN=$PWD/NWCHEM_RUN_$SLURM_JOB_ID
mkdir -p $NWCHEM_RUN
export SCRATCH_DIR=$NWCHEM_RUN
srun $NWCHEM_EXE test.nw > test_$SLURM_NPROCS.out
Lähetä eräajo käyttäen:
Viitteet
Ole hyvä ja viittaa seuraavaa lähdettä, kun julkistat NWChemillä saatuja tuloksia:
E. Aprà, E. J. Bylaska, W. A. de Jong, N. Govind, K. Kowalski, T. P. Straatsma, M. Valiev, H. J. J. van Dam, Y. Alexeev, J. Anchell, V. Anisimov, F. W. Aquino, R. Atta-Fynn, J. Autschbach, N. P. Bauman, J. C. Becca, D. E. Bernholdt, K. Bhaskaran-Nair, S. Bogatko, P. Borowski, J. Boschen, J. Brabec, A. Bruner, E. Cauẽt, Y. Chen, G. N. Chuev, C. J. Cramer, J. Daily, M. J. O. Deegan, T. H. Dunning Jr., M. Dupuis, K. G. Dyall, G. I. Fann, S. A. Fischer, A. Fonari, H. Früchtl, L. Gagliardi, J. Garza, N. Gawande, S. Ghosh, K. Glaesemann, A. W. Götz, J. Hammond, V. Helms, E. D. Hermes, K. Hirao, S. Hirata, M. Jacquelin, L. Jensen, B. G. Johnson, H. Jónsson, R. A. Kendall, M. Klemm, R. Kobayashi, V. Konkov, S. Krishnamoorthy, M. Krishnan, Z. Lin, R. D. Lins, R. J. Littlefield, A. J. Logsdail, K. Lopata, W. Ma, A. V. Marenich, J. Martin del Campo, D. Mejia-Rodriguez, J. E. Moore, J. M. Mullin, T. Nakajima, D. R. Nascimento, J. A. Nichols, P. J. Nichols, J. Nieplocha, A. Otero-de-la-Roza, B. Palmer, A. Panyala, T. Pirojsirikul, B. Peng, R. Peverati, J. Pittner, L. Pollack, R. M. Richard, P. Sadayappan, G. C. Schatz, W. A. Shelton, D. W. Silverstein, D. M. A. Smith, T. A. Soares, D. Song, M. Swart, H. L. Taylor, G. S. Thomas, V. Tipparaju, D. G. Truhlar, K. Tsemekhman, T. Van Voorhis, Á. Vázquez-Mayagoitia, P. Verma, O. Villa, A. Vishnu, K. D. Vogiatzis, D. Wang, J. H. Weare, M. J. Williamson, T. L. Windus, K. Woliński, A. T. Wong, Q. Wu, C. Yang, Q. Yu, M. Zacharias, Z. Zhang, Y. Zhao, ja R. J. Harrison, "NWChem: Past, present, and future", The Journal of Chemical Physics 152, 184102 (2020). DOI: 10.1063/5.0004997