tags: - Free
Orfeo ToolBox (Avoimen lähdekoodin kaukokartoituskuvien käsittely)
Orfeo ToolBox tai OTB on avoimen lähdekoodin sovellus, joka mahdollistaa korkean resoluution optisten, multiespektristen ja tutka-kuvien käsittelyn teratavun mittakaavassa.
Saatavilla
Orfeo ToolBox on saatavilla seuraavissa versioissa:
- Puhti: 8.0.1
Käyttö
Orfeo ToolBoxin lataaminen
Orfeo ToolBox voidaan ladata komennolla
module load orfeotoolbox
Komentorivityökalujen käyttö
Voit löytää lukuisia OTB-sovelluksia ja niiden esimerkkejä OTB CookBookista
Esimerkiksi voit laskea NDVI:n Sentinel-virtuaalirasterista käyttämällä otbcli_RadiometricIndices-sovellusta. Tämä edellyttää, että NIR-kaista on ensimmäisessä kanavassa ja PUNAINEN-kaista toisessa.
otbcli_RadiometricIndices -in <virtual raster> -channels.nir 1 -channels.red 2 -list Vegetation:NDVI -out <output_file>
OTB Python -työkalujen käyttö
OTB:hen sisältyvät sovellukset voidaan myös suorittaa Python-kääreiden avulla, jotka tulevat moduulin mukana.
Tässä on esimerkki, kuinka lasketaan rasterin keskiarvo testivirtuaalirasterista Pythonilla.
import otbApplication as otb
fp = <INPUT RASTER FILEPATH>
out = <OUTPUT RASTER FILEPATH>
app = otb.Registry.CreateApplication("Smoothing")
app.SetParameterString("in", fp)
app.SetParameterString("type", "mean")
app.SetParameterString("out", out)
app.ExecuteAndWriteOutput()
Graafisten työkalujen käyttö
Käynnistä Monteverdi:
Muita graafisia työkaluja on myös saatavilla, katso 'ls /appl/soft/geo/orfeotoolbox/8.0.1/bin/otbgui*' saadaksesi täydellisen listan.OTB-sovellusten suorittaminen rinnakkain
OTB-sovellukset vaikuttavat säätävän käsittelysäikeiden määrää automaattisesti, mikä tarkoittaa, että sovellukset toimivat yleensä nopeammin, kun niille annetaan enemmän CPU-ytimiä.
Tässä on esimerkki erätyötehtävästä, jossa on 4 CPU-ydintä.
#!/bin/bash
#SBATCH --job-name=<name_of_your_job>
#SBATCH --account=<your_project>
#SBATCH --time=00:03:00
#SBATCH --ntasks=1
#SBATCH --cpus-per-task=4
#SBATCH --mem-per-cpu=2000
#SBATCH --partition=small
module load otb
otbcli_RadiometricIndices -in test_vrt.vrt -channels.nir 1 -channels.red 2 -list Vegetation:NDVI -out NDVI.tif
Note
OTB:tä on myös mahdollista käyttää rinnakkain useilla laskentasolmuilla käyttäen MPI:tä, mutta sitä ei ole vielä testattu Puhtilla.
Lisenssi
Orfeo ToolBox on lisensoitu Apache License, Version 2.0:lla. Koko Orfeo ToolBox -lisenssi
Viittaus
Grizonnet, M., Michel, J., Poughon, V. et al. Orfeo ToolBox: open source processing of remote sensing images. Open geospatial data, softw. stand. 2, 15 (2017). https://doi.org/10.1186/s40965-017-0031-6
Kiitokset
Ole hyvä ja mainitse CSC ja Geoportti julkaisuissasi, sillä se on tärkeää projektin jatkumisen ja rahoitusraporttien kannalta. Voit esimerkiksi kirjoittaa "Kirjoittajat haluavat kiittää CSC - Tieteen tietotekniikan keskusta, Suomea (urn:nbn:fi:research-infras-2016072531) ja Avoimen paikkatiedon infrastruktuuria tutkimukselle (Geoportti, urn:nbn:fi:research-infras-2016072513) laskennallisista resursseista ja tuesta".
Asennus
Orfeo Toolbox asennettiin Puhtille Tykkyn wrap-container-toiminnallisuuden avulla käyttämällä Orfeo Toolbox Docker -kuvaa Dockerhubista, jonka OTB-yhteisö tarjoaa.
wrap-container -w /opt/otb/bin,/usr/bin/python3 docker://orfeotoolbox/otb:8.0.1 --prefix install_dir