tags: - Ilmainen
PLUMED
PLUMED (PLUgin for MolEcular Dynamics) on avoimen lähdekoodin, yhteisön kehittämä kirjasto, joka tarjoaa laajan valikoiman erilaisia menetelmiä parannetun näytteenoton toteuttamiseksi molekyylidynamiikassa. Sitä voidaan käyttää useiden MD-koodien kanssa.
[TOVI]
Saatavilla
- Puhti: 2.7.4, 2.8.0
- Mahti: 2.6.3, 2.7.2
Lisenssi
PLUMED-lisenssi (L-GPL) sallii myös sen käyttöliittymän liittämisen suljettuun ohjelmistoon.
Käyttö
PLUMED:in itsenäinen moduuli on tarkoitettu omien sovellusten rakentamiseen ja linkittämiseen PLUMED:in kanssa tai analysoimaan tuloksia, jotka on suoritettu tämän tyyppisellä koodilla. Käyttääksesi sitä, anna ensin module spider löytääksesi kaikki versiot ja niiden kirjastoriippuvuudet:
Jos haluat suorittaa molekyylidynamiikkaa PLUMED:in kanssa, joko käännä valittu MD-moottorisi PLUMED:in kanssa (katso valikoima esim. täältä) tai käytä esim. GROMACS, joka on saatavilla CSC:llä.
Viitteet
Viittaa työhösi PLUMED:in kanssa näin:
Tämä työ tehtiin avoimen lähdekoodin, yhteisön kehittämällä PLUMED-kirjastolla [1], versio 2.x [2] (tai vaihtoehtoisesti versio 1.x [3]).
[1] The PLUMED consortium. Edistää läpinäkyvyyttä ja toistettavuutta parannetussa molekyylisimulaatiossa, Nat. Methods 16, 670 (2019)
[2] G.A. Tribello, M. Bonomi, D. Branduardi, C. Camilloni, G. Bussi. PLUMED2: Uusia sulkia vanhalle linnulle, Comp. Phys. Comm. 185, 604 (2014), esipainos saatavilla arXiv:1310.0980
[3] M. Bonomi, D. Branduardi, G. Bussi, C. Camilloni, D. Provasi, P. Raiteri, D. Donadio, F. Marinelli, F. Pietrucci, R.A. Broglia ja M. Parrinello. PLUMED: kannettava plugin vapausenergiarajojen laskemiseen molekyylidynamiikan avulla, Comp. Phys. Comm. 180, 1961 (2009), esipainos saatavilla arXiv:0902.0874