Hyppää sisältöön

Significant changes to Puhti & Mahti authentication coming in April! Read about the SSH key and multi-factor authentication requirements.

tags: - Free

R GIS:lle

Tämä sivu on Puthin R-ympäristössä asennetuille avaruudellisille R-kirjastoille ja -työkaluille. R:n dokumentaatio löytyy yleisesti r-env-sivulta. Avaruudelliset kirjastot sisältyvät kaikkiin R-versioihin Puthissa.

Käyttö

Moduulin lataaminen

Lataa yleinen R-moduuli komennolla

module load r-env

Asennetut avaruudelliset R-kirjastot

  • aws.s3 - työskentelyyn S3-tallennuksen kanssa, esimerkiksi Allas. Esimerkki.
  • CAST - toiminnallisuus caret:lle avaruudellisten tai avaruus-aikallisten datojen kanssa
  • fasterize - nopeampi korvike raster-paketin rasterize()-funktiolle
  • FORTLS - maalla suoritetun laserkeilauksen (TLS) pistemassojen käsittely metsätalouden tarkoituksiin
  • gdalcubes - työskentelyyn moniaikaisten rasteridatakuutioiden kanssa
  • geodata - pääsy ilmasto-, viljely-, korkeus-, maan käyttö-, maaperä-, lajilöydös-, saavutettavuus-, hallinnollisiin rajatietoihin ja muihin datoihin.
  • geofi - paikkatiedon lataaminen kunnista, postinumeroista ja väestö- ja tilastoruudukosta Tilastokeskuksesta
  • geoR - geostatistinen analyysi sisältäen perinteisiä, todennäköisyyspohjaisia ja bayeslaisia menetelmiä
  • geosphere - sfäärinen trigonometria maantieteellisille koordinaateille (lat, lon)
  • ggmap - karttavisualisoinnit ggplot2:n kanssa. Taustakarttana voidaan käyttää useita nettilähteitä (esim. Google Maps ja Stamen Maps). Sisältää myös työkaluja geokoodaukseen ja reititykseen
  • ggspatial - karttojen piirtämiseen
  • gstat - spatiaalinen ja spatio-aikallinen geostatistinen mallintaminen, ennustaminen ja simulointi. Variogrammin mallintaminen; yksinkertainen, tavanomainen ja universaali piste- tai lohko(ko)kriging; spatio-aikallinen kriging; sekventiaalinen Gaussin tai indikaattorin (ko)simulointi; variogrammin ja variogrammikartan piirtotyökalut
  • GWmodel - paikkatietopainotetut mallit: GW-yhteenvetotilastot, GW-pääkomponenttianalyysi, GW-kuvan erottelu ja erilaiset GW-regression muodot
  • [igraph]
  • lidR - LiDAR-datan käsittely ja visualisointi (metsätalouden sovelluksille), mittareiden laskenta aluepohjaisessa lähestymistavassa, pistesuodatukset, keinotekoinen pisteiden vähentäminen, luokittelu maantieteellisestä datasta, normalisointi, yksittäisten puiden segmentointi ja muita käsittelytoimenpiteitä. Esimerkki
  • lidRtRee - metsän analysointi ilmalaserkeilauksen (LiDAR) datalla
  • mapedit - sf-objektien interaktiivinen muokkaus
  • maptools - työkalut maantieteellisen datan käsittelyyn ja rajapinta useiden muiden R-pakettien kanssa
  • mapview - interaktiivisen visualisoinnin luonti spatiaalidatalle nopeasti ja helposti, taustakartalla tai ilman. Näytettyjen piirteiden attribuutit ovat täysin kyseltävissä ponnahdusikkunoiden kautta
  • ncdf4 - lue, kirjoita ja muuta NetCDF-tiedostoja
  • ows4R - datalukeminen OGC-rajapinnoista
  • raster - rasteridataa varten keskeinen paketti
  • RCSF - Cloth Simulation Filter (CSF) on LiDAR-maapisteiden suodatuksen algoritmi
  • rlas - lue ja kirjoita 'las' ja 'laz'-tiedostomuotoja
  • rstac - asiakaskirjasto Spatio-Temporal Asset Catalog (STAC) varten
  • rTLS - käsittele maalla suoritettua laserkeilaus (TLS) datapisteitä
  • Rsagacmd - SAGA GIS komentojen käyttäminen R:stä
  • sen2r - Sentinel-2 datan löytäminen, lataaminen ja käsittely
  • sf - vektoridataa varten keskeinen paketti, sidokset GDAL-, GEOS- ja PROJ-kirjastoihin. Toimii tidyverse-pakettien kanssa. Samanlaisia toiminnallisuuksia kuin sp:llä, mutta uudempi ja parempi
  • sp - vanhempi keskeinen paketti vektoridatalle
  • spacetime - spatio-aikallisen datan kanssa työskentelyyn
  • spatial - kriging ja pistekuvioanalyysiä varten
  • spatialreg - spatiaalisten poikkileikkausmallien valmistamiseen
  • spatstat - pistekuvioiden analysointiin
  • spdep - spatiaalinen riippuvuus: painot, tilastot ja mallit
  • stars - spatioaikaisten matriisien (rasteri- ja vektoridatakuutiot) lukemiseen, käsittelyyn, kirjoittamiseen ja piirtämiseen
  • s2 - pallon geometristen laskutoimitusten suorittamiseen
  • terra - monipuolisia menetelmiä avaruudellisen datan analyysiin, erityisesti rasteridatalle
  • tmap - temaattisten karttojen tekemiseksi

Voit myös asentaa omia lisäkirjastoja. Seuraa vain ohjeita pää R-sivulla.

GDAL- ja SAGA GIS:n tuki

r-env-moduuli sisältää myös GDAL ja SAGA GIS.

Rinnakkaislaskenta

Jotkut R-paketit kuten raster, terra ja lidR sisältävät funktioita, jotka tukevat rinnakkaislaskentaa. Esimerkki raster-paketin predict-funktion käyttämisestä rinnakkaisesti löytyy esimerkeistämme.

Monille muille GIS-paketeille sinun on rinnakkaistettava koodi itse. Tämä voidaan saavuttaa useilla kirjastoilla, mukaan lukien future. Katso Rinnakkaistyöt käyttäen R-opasta lisätiedoille.

Allaksen käyttäminen R:llä

Voit käyttää Allasta R:llä käyttäen aws.s3-pakettia. Löydät CSC:n esimerkkejä sen käytöstä täältä.

On myös mahdollista lukea ja kirjoittaa tiedostoja Allasista ja Allasiin tai muihin pilviobjektitallennuksiin suoraan GDAL-pohjaisia paketteja, kuten sf ja terra, käyttäen. Ole hyvä ja tutustu Pilvifiluista alexsuoraan, sisältäen Allas-opas meidän ohjeisiin ja esimerkkeihin.

Suurten datamäärien kanssa Allasissa, harkitse virtuaalirastereiden käyttöä.

Lisenssi ja tunnustaminen

Kaikki paketit ovat lisensoitu eri avoimen lähdekoodin lisenssein (FOSS), katso tarkat tiedot linkitetyiltä sivuilta yllä. Oikeiden viittausten löytämiseksi R:lle ja eri R-paketeille, voit kirjoittaa:

citation() # R:lle viittaamiseen
citation("package") # R-paketille viittaamiseen

Ole hyvä ja tunnusta CSC ja Geoportti julkaisuissasi, sillä se on tärkeää projektin jatkumisen ja rahoitusraporttien kannalta. Esimerkkinä, voit kirjoittaa "Kirjoittajat haluavat kiittää CSC - Tiede- ja tietotekniikkakeskusta, Suomi (urn:nbn:fi:research-infras-2016072531) ja Avoimen maantiedon tutkimusinfrastruktuuria (Geoportti, urn:nbn:fi:research-infras-2016072513) laskentaresursseista ja tuesta".

Viitteet