tags: - Free

RAxML

RAxML on nopea ohjelma filogeneesien määrittämiseen suurimman todennäköisyyden menetelmällä. RAxML tarjoaa useita evoluutiomalleja sekä DNA- että aminohapposekvensseille.

RAxML

Lisenssi

Vapaa käyttää ja avoimen lähdekoodin alla GNU GPLv3.

Saatavilla

Puhti: 8.2.12

Käyttö

Asennettujen RAxML-versioiden näkemiseksi käytä komentoa:

module spider raxml

Tietyn version vaatimusten näkemiseksi käytä:

module spider raxml/<version>

esim.:

module spider raxml/8.2.12

Lataa tarvittavat moduulit. Esimerkiksi versiolle 8.2.12:

module load raxml/8.2.12

Minkä version valita?

RAxML on saatavilla yksittäis-versiona ja kolmena eri rinnakkaisversiona.

Sarjaversio (raxmlHPC) on tarkoitettu pienille tai keskikokoisille tietoaineistoille ja alkuvaiheen kokeiluille sopivien hakuehtojen määrittämiseksi.

PThreads-versio (raxmlHPC-PTHREADS) toimii hyvin erittäin pitkille kohdistuksille. Muista määrittää säikeiden määrä -T -optiolla. Tämä tulisi vastata eräajojärjestelmän käyttöön vaadittujen ydinten määrää.

Säikeiden lukumäärän valintaa varten tarkista kohta "Kuinka monta säiettä käyttää?" RAxML-käsikirjassa. Liian monien säikeiden käyttö voi hidastaa ohjelman toimintaa.

MPI-versio (raxmlHPC-MPI) on tarkoitettu erittäin suurien tuotantoajoiden suoritukseen (esim. 100 tai 1,000 bootstrapia). Voit myös suorittaa useita määrityksiä isommista tietoaineistoista rinnakkain löytääksesi parhaan tunnetun ML-puun aineistollesi. Lopulta, nopea BS-algoritmi ja siihen liittyvä ML-haku on myös rinnakkaistettu MPI:llä.

Nykyinen MPI-versio toimii oikein vain, jos määrität ajojen lukumäärän komentorivillä, koska se on suunniteltu suorittamaan useita määrityksiä tai nopeita/standardi BS (bootstrap) hakuja rinnakkain. Muissa vaihtoehdoissa tämän karkean rinnakkaisuuden käytöllä ei ole paljon järkeä. Käytä -N-vaihtoehtoa -#-vaihtoehdon sijaan, koska jälkimmäinen voidaan erehdyksessä luulla kommentin aloitukseksi eräajojärjestelmälle.

Versioissa 8.2.12 ja uudemmissa on myös hybridi MPI/säieversio (raxmlHPC-HYBRID).

Versioissa 8.2.12 ja uudemmissa on myös saatavilla AVX-optimoituja binäärejä (raxmlHPC-AVX, raxmlHPC-PTHREADS-AVX, raxmlHPC-MPI-AVX, raxmlHPC-HYBRID-AVX). Nämä voivat toimia nopeammin kuin optimoimattomat versiot, mutta ne voivat aiheuttaa ongelmia joissain tietoaineistoissa. Kokeile optimoimattomia versioita ongelmien ilmetessä.

Lisätietoja löydät "Milloin käyttää mitä versiota?" kappaleessa RAxML-käsikirjasta.

Esimerkkierätyöskriptit

PThreads-versio PuhdilleMPI-versio Puhdille

#!/bin/bash
#SBATCH --account=project_1234567
#SBATCH --job-name=raxml_threads
#SBATCH --ntasks=1
#SBATCH --cpus-per-task=4
#SBATCH --mem=8G
#SBATCH --time=10:00:00
#SBATCH --partition=small

module load raxml/8.2.12
raxmlHPC-PTHREADS -T $SLURM_CPUS_PER_TASK -s alg -m GTRGAMMA -p 12345 -n test1

#!/bin/bash
#SBATCH --account=project_1234567
#SBATCH --job-name=raxml_mpi
#SBATCH --ntasks=100
#SBATCH --cpus-per-task=1
#SBATCH --mem-per-cpu=8G
#SBATCH --time=10:00:00
#SBATCH --partition=large

module load raxml/8.2.12
srun raxmlHPC-MPI -N 100 -s cox1.phy -m GTRGAMMAI -p 12345 -n test2