tags: - Free
Snakemake
Snakemake on Python-pohjainen tieteellinen työnkulun hallintajärjestelmä skaalautuvien, siirrettävien ja toistettavien työnkulkujen luomiseen. Se on yksi suosituista työnkulun hallinnoijista bioinformatiikan yhteisössä, mutta ei ole rajoittunut vain bioinformatiikan alalle. Kuten Nextflow'ssa, myös Snakemakessa tuetaan muiden kielten, kuten R, bash ja Python, skriptien suorittamista (Snakemake-säännön script/run/shell -direktiivin kautta).
Available
CSC:llä saatavilla olevat versiot:
- Puhti: 7.15.2, 7.17.1, 8.4.6
License
Snakemake on julkaistu MIT-lisenssillä.
Usage
Snakemake aktivoidaan lataamalla snakemake-moduuli seuraavasti:
Esimerkki snakemake-moduulin lataamisesta tietyllä versiolla:
Käyttöönottoapua varten käytä komentoa:
Katso lisätietoja tutoriaalistamme Snakemake työnkulun suoritus Puhtilla.
Installation
Viimeisin snakemaken versio (v8.4.6) asennettiin Puhtille virtual environmentin kautta pip3:n avulla. Katso luettelo tässä moduulissa käytetyistä python-paketeista.
References
Jos käytät Snakemakea työssäsi, viittaa siihen seuraavasti:
Mölder, F., Jablonski, K.P., Letcher, B., Hall, M.B., Tomkins-Tinch, C.H., Sochat, V., Forster, J., Lee, S., Twardziok, S.O., Kanitz, A., Wilm, A., Holtgrewe, M., Rahmann, S., Nahnsen, S., Köster, J. Sustainable data analysis with Snakemake. F1000Research 2021, https://doi.org/10.12688/f1000research.29032.1.