tags: - Free

Trimmomatic

Trimmomatic suorittaa useita hyödyllisiä leikkaustehtäviä illumina paired-end- ja yksittäiselle datalle.

Trimmomatic

Lisenssi

Vapaa käyttää ja avoin lähdekoodi GNU GPLv3 -lisenssin alaisuudessa.
Lisenssi EI sovellu ohjelmistoon sisältyvien Illumina-sekvenssien sarjaan. ILLUMINAn sekvenssit (adapterit) jne. PYSYVÄT TEKIJÄNOIKEUSSUOJATTUINA ja ovat Illumina omistuksessa, ja niitä käytetään Trimmomaticissa luvan perusteella.

Saatavilla

Puhti: 0.39
Chipster graafinen käyttöliittymä

Käyttö

Trimmomatic sisältyy biokit-moduuliin:

module load biokit

Sen voi myös ladata erikseen:

module load trimmomatic

Trimmomatic voidaan käynnistää komennolla:

trimmomatic

Jos sinun tarvitsee säätää Java-asetuksia, voit käyttää muuttujaa $TMJAR

java <java options> -jar $TMJAR <trimmomatic options>

Sisällytettyjä adapterisekvenssejä ILLUMINACLIP:lle voi käyttää määrittelemällä $ADAPTERS, esim.:

ILLUMINACLIP:$ADAPTERS/TruSeq3-PE.fa:2:30:10

Trimmomaticin tehtävien tulisi olla suoritettuina joko interaktiivisen session aikana tai erätyönä.

Esimerkki erätyön käsikirjoituksesta:

#!/bin/bash
#SBATCH --job-name=trimmomatic
#SBATCH --account=project_12345 # Korvaa projektin nimi
#SBATCH --partition=small
#SBATCH --time=00:15:00
#SBATCH --ntasks=1
#SBATCH --cpus-per-task=4
#SBATCH --mem=8000

trimmomatic PE -threads $SLURM_CPUS_PER_TASK -phred64 \
forward.fq.gz reverse.fq.gz \
out_fw_paired.fq.gz out_fw_unpaired.fq.gz out_rev_paired.fq.gz out_rev_unpaired.fq.gz \
ILLUMINACLIP:$ADAPTERS/TruSeq3-PE.fa:2:30:10 \
LEADING:3 \
TRAILING:3 \
SLIDINGWINDOW:4:15 \
MINLEN:36

Erätyö voidaan käynnistää komennolla:

sbatch trimmomatic_script

Lisätietoja

Trimmomatic kotisivu