Hyppää sisältöön

Significant changes to Puhti & Mahti authentication coming in April! Read about the SSH key and multi-factor authentication requirements.

tags: - Free system: - www-puhti

Zonation

Zonation on paikkatietoihin perustuva suojelusuunnittelun priorisointimenetelmä laajamittaiselle suojelusuunnittelulle. Se tunnistaa alueet tai maisemat, jotka ovat tärkeitä korkean elinympäristölaadun ja monimuotoisuuspiirteiden (esim. lajien) välisen yhteyden säilyttämiselle, ja tarjoaa määrällisen menetelmän lajien pitkäaikaisen säilymisen parantamiseksi.

Saatavilla

Zonation on saatavilla Puhtissa seuraavilla versioilla:

  • 5.2.1 (sisältää graafisen käyttöliittymän)
  • 5.2.0.2 (sisältää graafisen käyttöliittymän)
  • 5.1.0 (sisältää graafisen käyttöliittymän)

Käyttö

Zonation on käytettävissä zonation-moduulissa:

module load zonation
z5 <komentojen argumentit>

Versiolla 5.2.1 voit myös käyttää zonation5 <komentojen argumentit>

Zonationia voi käyttää Puhtissa komentorivin tai graafisen käyttöliittymän kanssa, interaktiivisena tehtävänä tai eräajojärjestelmän kanssa. Varaa joka tapauksessa sopiva määrä laskentaresursseja: ytimiä ja muisti. Zonation 5 toimii nopeammin, jos se voi käyttää useita ytimiä. Puhtissa se voi käyttää yhtä nodia, mikä on maksimissaan 40 ydintä.

Ennen Zonationin aloittamista siirrä datasi projektisi scratch-kansioon. Testaukseen voit käyttää zonation5-tutorial data.

Zonation graafisella käyttöliittymällä

Zonationin graafisen käyttöliittymän (GUI) voi käynnistää Puhtin web-käyttöliittymässä:

  1. Kirjaudu sisään Puhtin web-käyttöliittymään.
  2. Avaa Desktop-sovellus
  3. Tietokoneen avauksen jälkeen kaksoisnapsauta Zonation-kuvaketta.

Työskentely Zonationin kanssa interaktiivisesti

Suhteellisen lyhyille analyysitöille Zonationia voi käyttää interaktiivisessa istunnossa.

sinteractive -i
cd /scratch/project_200xxxx/<sijainti_datalle>
z5 -w --mode=ABF minimal_settings.z5 /scratch/project_200xxxx/example1_out

Zonationin käyttö eräajolla

Pidemmille analyysitöille Puhtin eräajojärjestelmän käyttö on suositeltavaa.

#!/bin/bash
#SBATCH --account=project_200xxxx
#SBATCH --cpus-per-task=40
#SBATCH --partition=small
#SBATCH --time=00:15:00
#SBATCH --mem=4G

module load zonation
cd /scratch/project_200xxxx/<sijainti_datalle>
srun z5 -w --mode=ABF minimal_settings.z5 /scratch/project_200xxxx/example1_out

Lisenssi

Zonation 5 on jaettu täsmälleen tällaisena, vapaasti GNU General Public License (GPL) version 3 (#GNUGPL) (#GNUGPLv3) lisenssillä.

Viittaaminen

Moilanen, A., Lehtinen, P., Kohonen, I., Virtanen, E., Jalkanen, J. ja Kujala, H. 2022. Uudet menetelmät paikkatietopriorisointiin sovellettuna suojeluun, maankäytön suunnitteluun ja ekologisiin vaikutuksiin perustuviin väistöihin. Methods in Ecology and Evolution

Tunnustukset

Ole hyvä ja mainitse CSC ja Geoportti julkaisuissasi, se on tärkeää projektin jatkumiselle ja rahoitusraporteille. Esimerkiksi voit kirjoittaa "Kirjoittajat haluavat kiittää CSC - Tieteen tietotekniikan keskus, Suomi (urn:nbn:fi:research-infras-2016072531) ja avoin geoinformaatioinfrastruktuuri tutkimukselle (Geoportti, urn:nbn:fi:research-infras-2016072513) laskentaresursseista ja tuesta".

Asennus

Zonation asennettiin Puhtiin Apptainerilla käyttäen Zonation Apptainer määritelmätiedostoja, jotka on kirjoittanut Pauli Lehtinen Helsingin yliopistosta pienillä muokkauksilla.

Kontti käärittiin lopulta Tykky's wrap-container toiminnolla: wrap-container -w /squashfs-root/AppRun --prefix install_dir zonation5_v2.1.sif

Symbolisia linkkejä lisättiin z5 ja zonation5 toimimaan aloituskomentoina.

Viitteet