Hyppää sisältöön

Significant changes to Puhti & Mahti authentication coming in April! Read about the SSH key and multi-factor authentication requirements.

Yleiskatsaus

On mahdollista asentaa omia ohjelmistoja CSC:n supertietokoneille, jos et löydä tarpeisiisi sopivaa ohjelmistoa esiasennettujen sovellusten luettelosta tai käyttämällä module spider -komentoa. Asennusmenettely riippuu sovelluksestasi. On kuitenkin olemassa joitakin yleisiä sääntöjä, joita sinun tulisi noudattaa:

  • Et voi käyttää sudo-komentoa, eli tavalliset sudo apt tai sudo yum -komennot, joita saatat löytää verkosta, eivät toimi CSC:n supertietokoneilla.
  • Et voi asentaa "standardiin" järjestelmän sijaintiin, kuten /usr/bin, /usr/lib jne. Sen sijaan paras sijainti omille asennuksille on projektisi /projappl-hakemisto.
  • Käytä nopeaa paikallista levyä $TMPDIR kootessasi välttääksesi kuormittamasta rinnakkaistiedostojärjestelmää. Sovellusten kokoaminen aiheuttaa yleensä melko paljon I/O-kuormitusta.
  • Monet ohjelmistot saattavat vaatia joitakin riippuvuuksia, kuten HPC-kirjastoja kuten FFTW tai ScaLAPACK. Huomaa, että monet näistä ovat saatavilla esiasennettuina moduuleina, joten sinun ei ehkä tarvitse asentaa kaikkea alusta alkaen.
  • Uudet ohjelmistot eivät automaattisesti lisäänny $PATH-polkuusi. Päästäksesi ohjelmistoon, anna joko täydellinen polku tai lisää se export PATH=/path/to/my/app/bin:$PATH -komennolla.

Apua on saatavilla!

Älä epäröi ottaa yhteyttä CSC Service Deskiin, jos kohtaat ongelmia omien ohjelmistojen asentamisessa.

Alkuperäiset asennukset

Alkuperäisillä asennuksilla tarkoitetaan sovelluksia, jotka asennetaan suoraan järjestelmään. Tyypillisesti ohjelmiston lähdekoodi ladataan, käännetään ja asennetaan paikkaan, jossa käyttäjällä on kirjoitusoikeudet, kuten projektin /projappl-hakemisto. Asentaminen lähdekoodista voi joskus olla ainoa tapa asentaa sovellus, ja se on suositeltavaa erityisesti ohjelmistolle, jossa on vähän tai ei lainkaan riippuvuuksia.

Kääntäminen

HPC-ohjelmistot, jotka on kirjoitettu ohjelmointikielillä kuten C, C++ tai Fortran, täytyy kääntää ennen asentamista. Ohjeita ohjelmistojen kääntämiselle CSC:n supertietokoneilla löytyy alla olevista linkeistä. Luettelo saatavilla olevista HPC-kirjastoista, joihin voi olla tarpeen linkittää käännön yhteydessä, on myös saatavilla.

Spack

Spack on joustava pakettienhallintaohjelma, jota voidaan käyttää ohjelmistojen asentamiseen supertietokoneille sekä Linux- ja macOS-järjestelmiin. Perusmoduuliputki, joka sisältää kääntäjät, MPI-kirjastot ja monet saatavilla olevat ohjelmistot CSC:n supertietokoneilla, on asennettu Spackin avulla. Spack on samanlainen kuin EasyBuild-pakettienhallinta, jota käytetään laajasti LUMI:lla.

CSC tarjoaa käyttäjille Spack-moduuleja Puhtilla ja Mahtilla, joita voidaan käyttää ohjelmistojen rakentamiseen saatavilla olevien kääntäjien ja kirjastojen päälle. On myös mahdollista asentaa erilaisia räätälöityjä versioita moduulipuussa saatavilla olevista paketeista erityistapauksia varten. Katso täältä lyhyt tutoriaali siitä, miten asentaa ohjelmistoja CSC:n supertietokoneille käyttämällä Spackia. Spack on saatavilla myös LUMI:lla.

Valmiit binäärit

Valmiit binäärit tarjoavat tyypillisesti optimaalisen suorituskyvyn vain siinä järjestelmässä, missä ne on käännetty. Tämä pätee erityisesti MPI-koodeihin, jotka tulisi aina kääntää uudelleen parhaan suorituskyvyn saavuttamiseksi. Jos haluamasi binääri on kuitenkin yksinkertainen sarja- tai säietehtäväinen sovellus, voit kokeilla ajaa sitä suoraan.

Kontit

Ohjelmistojen ja kirjastojen kontittaminen voi olla erittäin tehokas tapa asentaa ohjelmistoja, erityisesti jos sovelluksessa on monimutkaisia riippuvuuksia, kuten useimmissa Python-ympäristöissä (katso alla). CSC:n supertietokoneet tukevat Apptainer/Singularity-kontteja, jotka ovat samankaltaisia kuin Docker-kontit, mutta soveltuvat paremmin monen käyttäjän HPC-järjestelmiin. Useimmissa tapauksissa valmiit Docker-kontit voidaan helposti muuntaa Apptainer-kuviksi. Toinen vaihtoehto on rakentaa oma kontti alusta alkaen. Lisätietoja konttien käytöstä CSC:n laskentaympäristössä löytyy alla olevista linkeistä:

Python/R-ympäristöt

Parhaat käytännöt omien Python- ja R-pakettien asentamiseen löytyvät alla olevilta Python-, R- ja Tykky-konttikuorisivuilta.

Lyhyesti sanottuna, yksittäiset Python-paketit, joilla on vähän riippuvuuksia, voidaan asentaa CSC:n esiasennettujen Python-moduulien rinnalle komennolla pip install --user <paketti>. Monimutkaisemmat ympäristöt tulisi aina kontittaa. Tämä onnistuu helposti Tykkyllä.

Sama pätee CSC:n tarjoamaan esiasennettuun R-moduuliin, joka on kontitettu ympäristö sisältäen yli 1300 pakettia. Jos nämä eivät vastaa tarpeitasi, voit asentaa omia pakettejasi projektikohtaiseen sijaintiin /projappl-hakemistossa ja lisätä sen R:n kirjastopuihin. Katso täältä tarkemmat tiedot.

Lisätietoa