Esimerkkejä eräkäsittelyskripteistä Mahti-järjestelmälle
Esimerkkejä eräajoista eri ohjelmatyypeille:
Huom
Jos käytät skriptejä (suositellaan!), älä unohda muuttaa resursseja (aika, tehtävät jne.) tarpeidesi mukaan ja korvata myprog <options> ajettavan ohjelman suoritettavalla tiedostolla (ja valinnoilla) sekä <project> projektisi nimellä.
MPI
#!/bin/bash
#SBATCH --job-name=example
#SBATCH --account=<project>
#SBATCH --partition=medium
#SBATCH --time=02:00:00
#SBATCH --nodes=10
#SBATCH --ntasks-per-node=128
srun myprog <options>
Suuri MPI
#!/bin/bash
#SBATCH --job-name=example
#SBATCH --account=<project>
#SBATCH --partition=large
#SBATCH --time=02:00:00
#SBATCH --nodes=100
#SBATCH --ntasks-per-node=128
srun myprog <options>
MPI + OpenMP
#!/bin/bash
#SBATCH --job-name=example
#SBATCH --account=<project>
#SBATCH --partition=large
#SBATCH --time=02:00:00
#SBATCH --nodes=100
#SBATCH --ntasks-per-node=16
#SBATCH --cpus-per-task=8
# Aseta ketjujen määrä perustuen --cpus-per-task
export OMP_NUM_THREADS=$SLURM_CPUS_PER_TASK
srun myprog <options>
MPI + OpenMP langan sidonnalla
#!/bin/bash
#SBATCH --job-name=example
#SBATCH --account=<project>
#SBATCH --partition=large
#SBATCH --time=02:00:00
#SBATCH --nodes=100
#SBATCH --ntasks-per-node=16
#SBATCH --cpus-per-task=8
# Aseta ketjujen määrä perustuen --cpus-per-task
export OMP_NUM_THREADS=$SLURM_CPUS_PER_TASK
export OMP_PLACES=cores
srun myprog <options>
MPI + OpenMP samanaikaisella monisäikeistyksellä
#!/bin/bash
#SBATCH --job-name=example
#SBATCH --account=<project>
#SBATCH --partition=large
#SBATCH --time=02:00:00
#SBATCH --nodes=100
#SBATCH --hint=multithread
#SBATCH --ntasks-per-node=16
#SBATCH --cpus-per-task=16
# Huomaa että ntasks-per-node * cpus-per-task = 256
# Aseta ketjujen määrä perustuen --cpus-per-task
export OMP_NUM_THREADS=$SLURM_CPUS_PER_TASK
srun myprog <options>
MPI yhdellä tehtävällä per NUMA-alue
#!/bin/bash
#SBATCH --job-name=example
#SBATCH --account=<project>
#SBATCH --partition=medium
#SBATCH --time=02:00:00
#SBATCH --nodes=10
#SBATCH --ntasks-per-node=8
#SBATCH --cpus-per-task=16
# Laskentasolmuilla on 8 NUMA-aluetta, joissa jokaisessa on 16 ydintä
# Slurm sijoittaa MPI-tehtävät --cpus-per-task etäisyydelle toisistaan
srun myprog <options>
OpenMP
#!/bin/bash
#SBATCH --job-name=example
#SBATCH --account=<project>
#SBATCH --partition=medium
#SBATCH --time=02:00:00
#SBATCH --ntasks=1
#SBATCH --cpus-per-task=128
# aseta ketjujen määrä perustuen --cpus-per-task
export OMP_NUM_THREADS=$SLURM_CPUS_PER_TASK
srun myprog <options>
Paikallinen levy ja small osio
#!/bin/bash
#SBATCH --job-name=example
#SBATCH --account=<project>
#SBATCH --partition=small
#SBATCH --time=02:00:00
#SBATCH --ntasks=1
#SBATCH --cpus-per-task=4
#SBATCH --gres=nvme:100
# Small osio:
# - Jokainen työ saa automaattisesti 1,875 GB muistia per varattu ydin.
# Jos tehtävä tarvitsee lisää muistia, käytä `--cpus-per-task` asetusta.
# - Muistivaraukset slurm-asetukset ohitetaan
# - Paikallinen NVMe-levy jopa 3500 GiB on saatavilla, varaa asetuksella
# `--gres=nvme:<koko GiB>` ja käytä $LOCAL_SCRATCH ympäristömuuttujan kautta
export MY_JOB_TMPDIR=$LOCAL_SCRATCH
srun myprog <options>
1-2 GPU-tehtävä eli gpusmall osio
#!/bin/bash
#SBATCH --job-name=example
#SBATCH --account=<project>
#SBATCH --partition=gpusmall
#SBATCH --time=02:00:00
#SBATCH --ntasks=1
#SBATCH --cpus-per-task=32
#SBATCH --gres=gpu:a100:1
## jos tarvitset myös paikallisen nopean levyn solmussa, korvaa edellinen rivi:
#SBATCH --gres=gpu:a100:1,nvme:900
#
## Muista ladata ympäristö, jota sovelluksesi saattaa tarvita.
## Ja käytä muuttujaa $LOCAL_SCRATCH eräkäsittelyskriptissäsi
## paikallisen nopean tallennustilan käyttämiseen jokaisessa solmussa.
srun myprog <options>
4 GPU:ta per solmu ja monisoluinen GPU-tehtävä eli gpumedium osio
```bash
SBATCH --job-name=example
SBATCH --account=
SBATCH --partition=gpumedium
SBATCH --time=02:00:00
SBATCH --nodes=2
SBATCH --ntasks=8
SBATCH --cpus-per-task=32
SBATCH --gres=gpu:a100:4
jos tarvitset myös paikallisen nopean levyn solmuissa, korvaa edellinen rivi:
SBATCH --gres=gpu:a100:4,nvme:3600
Muista ladata ympäristö, jota sovelluksesi saattaa tarvita.
Ja käytä muuttujaa $LOCAL_SCRATCH eräkäsittelyskriptissäsi
paikallisen nopean tallennustilan käyttämiseen jokaisessa solmussa.
srun myprog