Interaktiivinen käyttö
Kun kirjaudut CSC:n supertietokoneelle, yhdistät sen johonkin sen kirjautumissolmuista. Kirjautumissolmuja jakavat kaikki käyttäjät, eikä niitä tule käyttää raskaaseen laskentaan. Katso käyttöpolitiikkamme yksityiskohdat. Jos sinun täytyy suorittaa raskaita laskentoja interaktiivisesti, voit käyttää Puhtin ja Mahtin interactive-osioita.
Interactive-osio tarjoaa vähemmän resursseja kuin muut osiot, mutta sinne lähetetyillä töillä on paljon korkeampi prioriteetti, joten ne viettävät tyypillisesti hyvin vähän aikaa jonossa. Osio voidaan käyttää web-käyttöliittymäsovellusten ja erätöiden ajamiseen, mutta kätevin tapa käyttää sitä on sinteractive-komennolla.
sinteractive-komento
sinteractive käynnistää uuden shell-ohjelman laskentasolmussa käyttäjän määrittelemillä resursseilla. Prosessit voidaan käynnistää ikään kuin käyttäisit omaa laitettasi, eli Slurm-komennot kuten srun eivät ole tarpeellisia tai edes mahdollisia. Shell-ympäristö eroaa hieman kirjautumissolmuista, esim. "raskaammat" tekstieditorit kuten Vim ja Emacs eivät ole saatavilla, joten niiden sijasta on käytettävä Vi:tä tai Nanoa.
Koska sinteractive käynnistää uuden shellin, kaikki ympäristömuuttujat, joita ei aseteta käyttäjän aloitustiedostoissa, on määriteltävä uudelleen manuaalisesti. Kun interaktiivinen istunto päättyy, palaat alkuperäiseen shell-ohjelmaasi, ja kaikki istunnon aikana $TMPDIR:iin ja $LOCAL_SCRATCH:iin kirjoitettu väliaikainen data häviää.
Vaikka graafisten sovellusten suositeltu käyttötapa on virtuaalidesktoppi, on myös mahdollista tehdä tämä interaktiivisessa istunnossa komentoriviltä käsin käyttäen X11-ohjailua.
Helpoin tapa käyttää sinteractive-komentoa on ajaa komento -i-vaihtoehdolla:
Kun tämä vaihtoehto valitaan, käyttäjältä kysytään istunnon yksittäiset parametrit (suoritusaika, muisti, ytimet, jne.). Jos et halua määritellä resursseja interaktiivisesti, voit yksinkertaisesti välittää ne komennolle argumentteina. Huomaa, että Puhtissa ja Mahtissa saatavilla olevat vaihtoehdot ja resurssit eivät ole samat laitteiston eroista johtuen.
sinteractive Puhtissa
Puhtissa jokaisella käyttäjällä voi olla enintään kaksi aktiivista istuntoa interactive-osiossa.
Jos resurssipyyntösi ylittävät Puhtin interactive-osion rajat, tai jos sinulla on jo kaksi aktiivista istuntoa siellä, sinulle tarjotaan mahdollisuus lähettää työ small- tai gpu-osioihin sen sijaan. Tässä tapauksessa työsi ei hyödynnä interactive-osion korkeampaa prioriteettia, joten sinun on odotettava jonkin aikaa ennen kuin pyydetyt resurssit tulevat saataville ja interaktiivinen istunto alkaa. Jos pyydät GPU:ita -g-vaihtoehdolla, työsi lähetetään automaattisesti gpu-osioon.
Kaikki sinteractive-komennolla käynnistetyt istunnot suoritetaan solmuilla, joilla on nopea paikallinen NVMe-tallennus saatavilla. Tämä paikallinen levyalue on ihanteellinen sijainti prosessiesi luomille väliaikaistiedostoille korkean I/O-kapasiteettinsa ansiosta. Muista, että tämä levyalue tyhjennetään, kun interaktiivinen istunto päättyy. Ympäristömuuttujat $TMPDIR ja $LOCAL_SCRATCH osoittavat työn paikalliseen levyalueeseen.
Voit nähdä Puhtin komentovaihtoehdot seuraavasti, kun olet kirjautuneena järjestelmään:
sinteractive Mahtissa
Mahtissa jokaisella käyttäjällä voi olla jopa 8 aktiivista istuntoa interactive-osiossa. Katso Mahtin interactive-osion yksityiskohdat saadaksesi tietoa saatavilla olevista resursseista. On myös mahdollista pyytää GPU-leikkauksia interaktiiviseen työhön käyttämällä -g-lippua, joka lähettää työn gpusmall-osioon. Huomaa, että GPU-leikkauksen käyttäminen rajoittaa käytettävissä olevien CPU-ytimien ja muistin määrää työssäsi.
Kuten Puhtissa, voit nähdä Mahtin erikoiskomentovaihtoehdot seuraavasti kirjautuneena järjestelmään:
Esimerkki: Jupyter-muistikirjan tai RStudio-palvelimen ajo sinteractive:lla
Katso opetusohjelma RStudion tai Jupyter-muistikirjojen käytöstä.
Esimerkki: MPI-työn suorittaminen interaktiivisessa istunnossa
Koska interaktiivisessa istunnossa käynnistetty shell on jo Slurm-työvaihe, lisätyövaiheita ei voida luoda. Tämä estää esim. GROMACS-työkalujen käyttämisen tavanomaisella tavalla, koska gmx_mpi on rinnakkainen ohjelma ja yleensä edellyttää srun-käyttöä. Tässä tapauksessa srun on korvattava orterun -n 1-komennolla interaktiivisessa shellissä. Orterun ei tunnista Slurm-lippuja, joten sille on kerrottava, montako tehtävää/kierrettä käytetään. Seuraava esimerkki suorittaa GROMACS-ohjelman keskimääräisen siirtymäanalyysin olemassa olevalle trajektorialle:
sinteractive --account <project>
module load gromacs-env
orterun -n 1 gmx_mpi msd -n index.ndx -f traj.xtc -s topol.tpr
Käyttääksesi kaikkia pyydettyjä ytimiä rinnakkain, sinun täytyy lisätä --oversubscribe. Esimerkiksi 4 ytimen rinnakkainen interaktiivinen työ (käynnistetty interaktiivisesta istunnosta) voidaan suorittaa seuraavasti:
sinteractive --account <project> --cores 4
module load gromacs-env
orterun -n 4 --oversubscribe gmx_mpi mdrun -s topol.tpr
Eksplisiittinen interaktiivinen shell ilman X11-grafiikkaa
Jos et halua käyttää sinteractive-suojainta, on myös mahdollista käyttää Slurm-komentoja eksplisiittisesti interaktiivisen istunnon käynnistämiseen. Koska voit joutua jonottamaan, on suositeltavaa pyytää sähköposti-ilmoitusta resurssien myöntämisen jälkeen.
srun --ntasks=1 --time=00:10:00 --mem=1G --pty \
--account=<project> --partition=small --mail-type=BEGIN \
bash
Kun resurssit ovat saatavilla, voit työskennellä normaalisti shellissä. Bash-kehote näyttää laskentasolmun nimen:
Kun pyydetty aika on kulunut umpeen, shell sulkeutuu automaattisesti.
Interaktiivisen sovelluksen käynnistäminen X11-grafiikalla
Aktivoidaksesi X11-grafiikat lisää --x11=first-vaihtoehto komentoon. Seuraavasti käynnistyy sovellus myprog:
srun --ntasks=1 --time=00:10:00 --mem=1G --x11=first --pty \
--account=<project> --partition=small --mail-type=BEGIN \
myprog
Huomaa, että voit korvata myprog-ohjelman bash-komennolla, joka käynnistää shellin laskentasolmussa, jota voit puolestaan käyttää graafisten sovellusten käynnistämiseen. Kun pyydetty aika on kulunut umpeen, sovellus suljetaan automaattisesti.