RStudio

RStudio-sovellus käynnistää RStudio-istunnon valituilla resursseilla käyttäen valittua R-ympäristön (r-env) versiota.

Käyttäjä kirjautuu automaattisesti RStudio-istuntoon painamalla Connect to RStudio Server -painiketta.

Valitsemalla Multithreaded asetetaan ympäristömuuttuja OMP_NUM_THREADS, joka säätelee OpenMP-säikeiden määrää, pyydettyjen CPU-ytimien määrään. Katso lisätietoja r-env-dokumentaatiosta säikeistämisen parantamisesta.

Milloin käyttää RStudioa?

RStudio-istunnot on tarkoitettu interaktiiviseen työskentelyyn, esimerkiksi R-skriptien kehittämiseen ja kevyiden sekä keskikokoisten analyysien suorittamiseen muutaman tunnin ajan. Pitkäkestoiset, muisti-intensiiviset tai muuten resursseja vaativat tehtävät kannattaa suorittaa ei-interaktiivisina erätehtävinä.

Usein kysytyt kysymykset RStudiosta

RStudio ei käynnisty ja näen harmaan näytön. Mitä minun pitäisi tehdä?

Jos RStudio-istunto ei käynnisty tai RStudio on erittäin hidas, kokeile ensin nollata RStudio-käyttäjätila seuraavien ohjeiden mukaisesti. Nämä vaiheet siivoavat edellisten keskeytyneiden RStudio-istuntojen jäljelle jääneet tiedot kahdessa piilotetussa kansiossa käyttäjän kotihakemistossa: .config/rstudio ja .local/share/rstudio. Nämä kansiot voidaan joko nimetä uudelleen (sisällön säilyttämiseksi) tai poistaa (jos olet varma, ettei sisältöä tarvita).

Vaihtoehto 1: Käytä verkkokäyttöliittymän tiedostonäkymää:

1. Verkkokäyttöliittymän hallintapaneelin vasemmassa yläkulmassa valitse Tiedostot (Files) ja Kotihakemisto (Home Directory).
2. Napsauta Näytä piilotiedostot (Show dotfiles).
3. Poista tai nimeä uudelleen rstudio-kansiot .config ja .local -> share alaisuudesta.

Vaihtoehto 2: Käytä päätelaitetta (esimerkiksi kirjautumissolmu verkkokäyttöliittymässä) näiden kansioiden poistamiseen tai uudelleennimeämiseen. Tässä on esimerkki, miten uudelleennimeäminen toimisi:

mv ~/.config/rstudio ~/.config/rstudio-old
mv ~/.local/share/rstudio ~/.local/share/rstudio-old

Jos tämän jälkeen RStudio ei vieläkään käynnisty tai pysyy hyvin hitaana, ota yhteyttä CSC:n palvelupisteeseen.

Miten asennan R-paketin?

R-ympäristössä on yli 1400 valmiiksi asennettua R-pakettia. Helpoin tapa tarkistaa, onko paketti saatavilla, on yrittää ladata se komennolla library(packagename). Jos paketti puuttuu, voit asentaa sen itse projektiisi R-paketin asennusohjeiden mukaisesti tai voit ottaa yhteyttä CSC:n palvelupisteeseen saadaksesi yleisen asennuksen kaikkien käyttäjien käyttöön.

Miten muutan RStudion tiedostopaneelissa näkyvää hakemistoa?

Oletuksena tiedostopaneelissa näkyy koti hakemistosi supertietokoneella. Voit vaihtaa hakemistoa napsauttamalla kolmea pistettä paneelin oikeassa yläkulmassa. Kirjoita avautuvaan ruutuun kohdehakemisto, esimerkiksi /scratch/<project>.

Lisätietoja

Lisätietoja R-ympäristöstä löytyy r-env-dokumentaatiosta. Jos sinulla on kysyttävää, ota yhteyttä CSC:n palvelupisteeseen.

Onko tämä sivu hyödyllinen?

Kyllä

Kiitos palautteestasi!

Ei

Kiitos! Arvostamme palautettasi.

Please let us know how we could improve this page by contacting us or by creating an issue in GitHub. You can also edit this page yourself and contribute your improvements by creating a pull request.