Perl MySQL API:n käyttäminen CSC:llä

Perl MySQL API on saatavilla Puhti-ympäristössä CSC:llä osana bioperl-ympäristöä. Seuraavat tehtävät suoritetaan yleensä, kun Perl-skripti käyttää MySQL-tietokantaa:

Perl DBI -moduuli tuodaan
Yhteys MySQL-palvelimeen avataan
Komennot suoritetaan ja niiden tulosjoukot haetaan
Palvelinyhteys suljetaan

Seuraava ohjeistus olettaa, että sinulla on tietokantakäyttäjätili CSC:n tietokantapalvelussa. Jos käytät toista MySQL-palvelinta, korvaa skriptissä palvelimen nimi (kaivos.csc.fi) käyttämälläsi palvelimen nimellä.

Kirjoita MYSQL-tietokantayhteysskripti

Käytä suosikki tekstieditoria luodaksesi nimetty skriptitiedosto, esim. mydb_script.pl. Kopioi sitten seuraava teksti skriptiin.

# mydb_script.pl skripti MySQL-palvelimen version näyttämiseksi
use strict;
use DBI;
my $dbh = DBI->connect ("DBI:mysql:your_database_name:kaivos.csc.fi",
"your_database_user_account", "your_database_password") or die "Cannot connect:" . $DBI::errstr;

my $sth = $dbh->prepare ("SELECT VERSION()") or die "Cannot prepare:" . $dbh->errstr();
$sth->execute () or die "Cannot execute: " . $sth->errstr();

while (my @row = $sth->fetchrow_array())
   {
       print "@row\n";
   }
$dbh->disconnect ();

Yhteys tietokantaan luodaan kutsumalla connect()-metodia yhteysparametreilla. Nämä parametrit ovat: käytettävä tietokanta, tietokantapalvelin, tietokantakäyttäjätili ja tietokantasalasana. Korvaa nämä arvot vastaamaan tietokantaasi, tietokantakäyttäjätiliäsi ja tietokantasalasanaasi. prepare()-metodi valmistelee SQL-komennon ja execute()-metodi lähettää komennon tietokantapalvelimelle. fetchrow_array()-metodi hakee rivejä tulosjoukosta silmukassa, ja tuloksena olevat rivit tulostetaan. Lopuksi yhteys suljetaan disconnect()-metodilla.

MYSQL-tietokantayhteysskriptin suorittaminen

Suorita skripti komentoriviltä Perl-tulkin avulla. Suosittelemme käyttämään bioperlia CSC-ympäristössä, koska se sisältää tarvittavat moduulit.

module load biokit
perl mydb_script.pl

tai lisää seuraava skriptin alkuun:

#!/appl/soft/bio/bioperl/5.30.0/bin/perl

Tee sitten skriptistä suoritettava ja suorita se suoraan:

chmod +x mydb_script.pl
./mydb_script.pl

Komentojen suorittamismenetelmät

prepare()-metodi on SQL-komennon valmistelua varten ja execute()-metodi on SQL-komentojen suorittamista varten. Kuitenkin, voit käyttää do()-metodia kertaluonteisiin ei-SELECT-komentoihin (esim. INSERT, UPDATE, DELETE), koska tietokannasta ei palauteta dataa:

$rows_affected = $dbh->do("UPDATE your_table SET foo = foo + 1");

Transaktio

Oletuksena AutoCommit-tila on päällä. Sinun ei tarvitse käyttää commit()-metodia suorittaessasi transaktioita. Vain InnoDB-tallennusmoottori on transaktionaalinen. Oletuksena oleva MyISAM on ei-transaktionaalinen tallennusmoottori.