RStudion ja R-kirjastojen lisääminen SD Desktopiin
SD Desktop -virtuaalikoneissa R:n ja RStudion käyttö perustuu Apptainer/Singularity-konttiin, joka sisältää R:n ja RStudion asennukset sekä yli 1000 yleisesti käytettyä R-kirjastoa. Koska CRAN-repositoriossa on kuitenkin lähes 20 000 kirjastoa ja Bioconductor-repositoriossa yli 2000 kirjastoa, on melko yleistä, että jokin haluamasi kirjasto ei ole mukana oletusvalikoimassa.
Tässä dokumentissa kuvataan apuvälineiden käyttöä, joiden avulla voit lisätä RStudio 4.4.2:n ja puuttuvat R-kirjastot SD Desktop -ympäristöösi. Tässä kuvattu prosessi on palvelun ensimmäinen prototyyppi-implementaatio, ja se todennäköisesti muuttuu tulevaisuudessa.
Vaatimukset
Jotta saat pääsyn asennustyökaluun, sinun tulee lähettää pyyntö CSC Service deskiin. Pyynnössä tulee mainita, että haluatte SD Desktop -ohjelmistoasennuksen apuvälineiden olevan saatavilla projektillesi. Sinun tulee myös sisällyttää viestiin projektisi projektitunnus.
Voit tarkistaa tämän satunnaisen merkkijonon esimerkiksi SD Connect -palvelusta. Sieltä löydät projektitunnuksen käyttäjätiedot-näkymästä.
RStudio 4.4.2:n asennus
Kirjaudu SD Desktopiin ja avaa Data Gateway. Jos ohjelmistoasennuksen apuvälineet ovat käytettävissä projektillesi, pitäisi hakemiston, jonka Data Gateway loi (sisään Projects/SD Connect/your-project-name), sisältää kansio: tools-for-sd-desktop. Avaa tools-for-sd-desktop-kansio ja sieltä vedä/kopioi tiedosto sd-installer.desktop työpöydällesi.
Kuva 1. sd-installer.desktop-tiedoston kopioiminen SD-työpöydälle.
Kaksoisklikkaa sd-installer.desktop-koppia käynnistääksesi ohjelmistoasennustyökalun. Käytä tätä työkalua asentaaksesi RStudio 4.4.2 SD Desktop -virtuaalikoneeseesi, jos et ole vielä tehnyt sitä. Asennus kestää useita minuutteja.
Kuva 2. SD-ohjelmistoasennustyökalu.
Kun asennus on valmis, voit käynnistää RStudion napsauttamalla RStudio-kuvaketta työpöydällä tai suorittamalla komennon:
Puuttuvien R-kirjastojen lisääminen
Kun RStudio-ympäristö on asennettu, uusia kirjastoja voidaan lisätä avaamalla terminaali ja suorittamalla komento:
Komento kysyy hakutermiä ja näyttää saatavilla olevat R-kirjastot, jotka vastaavat hakutermiä. Jos useita kirjastoja löytyy, sinulle annetaan numeroitu lista, josta voit valita asennettavan kirjaston.
Tämä työkalu ei tarkista sisäisiä kirjastoriippuvuuksia, ja usein ensimmäinen asennusyritys epäonnistuu. Näissä tapauksissa sinun tulee tarkistaa puuttuvien kirjastojen nimet ja asentaa ne ensin.
Esimerkiksi hakutermi fusion löytää 8 kirjastoa. Tässä tapauksessa haluamme asentaa DNAfusion (DNAfusion_1.0.0.tar.gz), joka on listattu ensin, joten asennus aloitetaan painamalla 1 ja sitten Enter.
Tässä tapauksessa asennus kuitenkin epäonnistuu, koska DNAfusion riippuu kirjastosta, joka ei ole vielä asennettu. Tällaisissa tilanteissa sinun tulee tarkistaa puuttuvien kirjastojen nimet virheilmoituksesta ja asentaa ne ensin. Voit antaa kirjaston nimen argumenttina add-R-library-komentoon. Esimerkiksi tässä tapauksessa puuttuva kirjasto, bamsignals, voidaan lisätä komennolla:
Tämän jälkeen voit asentaa DNAfusionin
Lisäkirjastot asennetaan sijaintiin /shared-directory/sd-toold/apps/R/lib, jossa ne ovat kaikkien virtuaalikoneen käyttäjien saatavilla. Tämä ei ole R-kirjastojen oletussijainti, joten sinun tulee määritellä sijainti R-koodissasi komennolla:
Sen jälkeen voit ottaa kirjaston käyttöön esimerkiksi näin:
```text library(DNAfusion)