Apptainer-konttien hyödyntäminen SD Desktopissa
Warning-label
Taitotaso - Edistynyt
Koska SD Desktop ei ole suoraan yhteydessä internettiin, et voi käyttää työkaluja kuten Git, Conda tai Pip asentaaksesi uutta ohjelmistoa. Sen sijaan voit käyttää Apptainer ohjelmistokonttityökalua lisätäksesi uutta ohjelmistoa SD Desktop -ympäristöösi. Sinun on kuitenkin ensin rakennettava tai ladattava Apptainer-kontti muualla ja sitten käytettävä Allas/SD Connectia tuodaksesi kontin SD Desktopiin.
Huomaa: Apptainer on Singularity-konttijärjestelmän haarukka, joten ohjeet voivat usein viitata Singularityyn. Useimmissa tapauksissa voit vain korvata "Singularityn" "Apptainerilla".
Jos sinulla on root-oikeudet koneeseen, jossa on Apptainer, voit rakentaa oman konttisi, joka sisältää juuri tarvitsemasi ohjelmiston ja datasetit. Monia ohjelmistoja on saatavana myös valmiiksi rakennettuina Apptainer-kontteina tai Docker-kontteina, jotka voidaan muuntaa Apptainer-konteiksi. Tässä asiakirjassa näytämme, kuinka voit tuoda valmiiksi rakennetun Apptainer-kontin julkisesta arkistosta SD Desktopiin.
Vaiheittainen ohje
Ennen kuin aloitat, ota käyttöön palvelut Puhti, SD Desktop ja Allas/SD Connect projektiisi. Tämä tapahtuu MyCSC:ssä.
Kuinka tuoda valmiiksi rakennettu Apptainer-kontti julkisesta arkistosta SD Desktopiin:
Valmiin kontin tuominen Puhtin kautta
Löydä sopiva kontti
Esimerkissä tuomme BETA Binding and Expression Target Analysis ohjelmiston SD Desktopiin. Tämä työkalu on saatavana valmiiksi rakennettuna Apptainer-konttina Biocontainers arkistossa. Voit löytää työkalun etsimällä Binding and Expression Target Analysis arkistosta. Kun avaat tuloksena olevan cistrome_beta kontin yksityiskohtaiset tiedot, voit nähdä, että Singularity-moduulin voi ladata seuraavasta URL-osoitteesta: https://depot.galaxyproject.org/singularity/cistrome_beta:1.0.7--py27heb79e2c_4
Lataa kontti
Koska meidän ei tarvitse rakentaa konttia tyhjästä, voimme käyttää puhti.csc.fi palvelinta ladata konttikuvan ja siirtää sen Allasiin.
Ensiksi kirjaudu puhti.csc.fi:hin. Sitten käynnistä interaktiivinen erätyötapahtuma komennolla:
Interaktiivisessa sessiossa siirry LOCAL_SCRATCH-hakemistoon ja aseta joitain Singularityyn liittyviä ympäristömuuttujia:
export SINGULARITY_TMPDIR=$LOCAL_SCRATCH
export SINGULARITY_CACHEDIR=$LOCAL_SCRATCH
unset XDG_RUNTIME_DIR
Lataa sitten paikallinen kopio Beta-kontista komennolla
apptainer pull beta.sif https://depot.galaxyproject.org/singularity/cistrome_beta:1.0.7--py27heb79e2c_4
Tämä luo uuden singularity-konttitiedoston, beta.sif. BETA-ohjelmiston kotisivulta lataamme myös testidatan varmistaaksemme, että kontti toimii.
Lähetä kontti Allas / SD Connectiin
Lataamme sitten nämä kaksi tiedostoa Allasiin/SD Connectiin. Tässä esimerkissä käytämme projektia 2012345.
module load allas
allas-conf project_2012345
a-put --sdx beta.sif -b 2012345_beta
a-put --sdx BETA_test_data.zip -b 2012345_beta
Yllä olevat komennot tallentavat tiedostot Allas-säilöön 2012345_beta. a-put-komentoa käytetään --sdx-vaihtoehdolla, jotta ladattu data salataan SD Desktop -yhteensopivalla salauksella.
Kontin käyttäminen SD Desktopissa
Ensin kirjaudu sd-desktop.csc.fi:hin ja avaa oma virtuaalinen työpöytäsessio.
Kun .sif-muotoinen Apptainer-konttitiedosto ja esimerkkidata on ladattu Allasiin, voimme kopioida ne SD Desktopiin. Tätä varten avaa DataGateway, SD Desktop -istunnossasi. Sen jälkeen kopioi data paikalliseen levyyn SD Desktopissa.
Voit tehdä tämän käyttämällä graafista DataGateway-työkalua työpöydällä (katso video).
Tai voit käyttää Linuxin komentorivikäyttöliittymää: Avaa Linux-pääte SD-Desktopissa. Päätteessä siirrä Apptainer-tiedosto ja testidata nykyisiin sijainteihin:
cp Projects/SD-connect/project_201234/2012345_beta/beta.sif ./
cp Projects/SD-connect/project_201234/2012345_beta/BETA_test_data.zip ./
Pura testidatasetti:
Nyt voit ajaa BETAa apptainser-komennon avulla. Esimerkiksi BETA minus komennon help-ominaisuus näytetään komennolla:
Ja analyysi esimerkkidatalla hakemistossa BETA_test_data voidaan suorittaa komennoilla kuten:
Tässä esimerkissä tulokset kirjoitetaan hakemistoon BETA_OUTPUT.