Hyppää sisältöön

Significant changes to Puhti & Mahti authentication coming in April! Read about the SSH key and multi-factor authentication requirements.

Gabeditin käyttäminen Gaussian-tehtäville Puhtilla

Gabedit on ilmainen graafinen käyttöliittymä (GUI) moniin laskennallisiin kemian ohjelmistopaketteihin. Tässä esitellään, kuinka sitä voidaan käyttää valmistellessa ja analysoidessa Gaussian -tehtäviä Puhtilla. Esivaatimuksina on, että sinulla on voimassa oleva CSC-tili, joka kuuluu Gaussian-ryhmään, ja että olet jäsenenä CSC-projektissa, jolla on pääsy Puhtiin. Tätä opasta oletetaan, että sinulla on Gabedit asennettuna paikalliselle tietokoneellesi.

Työnkulku

Lyhyesti, tärkeimmät vaiheet Gaussian-tehtävän rakentamisessa, suorittamisessa ja analysoimisessa Puhtilla Gabeditin avulla ovat:

  1. Luo Gaussian-tulo tiedosto käyttämällä Gabeditia omalla tietokoneellasi.
  2. Kopioi tulotiedostot paikalliselta tietokoneeltasi sopivaan työhakemistoon Puhtilla.
  3. Käynnistä laskenta Puhtilla.
  4. Kopioi tulokset Puhdilta omalle tietokoneellesi.
  5. Käytä Gabeditia analysoidaksesi tulokset.

1. Luo Gaussian-tulo

  1. Rakenna tai lataa molekyylirakenteesi Gabeditissa.
  2. Määritä menetelmä ja muut haluamasi yksityiskohdat. Gabedit input
  3. Tallenna se Gaussian-tulo tiedostona erilliseen hakemistoon (tässä nimeltään benzene). Gabedit save

2. Kopioi tulotiedostot Puhtiin

  1. Kopioi koko tulo hakemisto (tässä nimeltään benzene) sopivaan väliaikaishakemistoon Puhtilla. Tässä käytetään rsync. Muiden menetelmien osalta katso Tietojen siirtäminen CSC:n ja paikallisen työaseman välillä.

    rsync -rP benzene username@puhti.csc.fi:/scratch/project_2001234/gabedit

3. Käynnistä laskenta Puhtilla

  1. Kirjaudu Puhtiin ja siirry siihen hakemistoon:

    cd /scratch/project_2001234/gabedit/benzene

  2. Lataa gaussian-moduuli komennolla module load gaussian.

  3. Lähetä laskenta:

    subg16 00:10:00 benzene_opt_freq project_2001234

4. Kopioi tulokset takaisin tietokoneellesi

  1. Kun gaussian-tehtävä on valmis, kopioi koko hakemisto Puhtilta takaisin omalle tietokoneellesi. Anna tämä komento omalla tietokoneellasi:

    rsync -rP username@puhti.csc.fi:/scratch/project_2001234/gabedit/benzene/ .

5. Käytä Gabeditia analysoidaksesi tulokset

  1. Gabeditissa käytä File -> Open navigoidaksesi siihen hakemistoon, jossa tulokset ovat.
  2. Vaihda Open file ikkunan oikeassa alakulmassa *.inp muotoon *.com.
  3. Valitse com-tiedosto, joka vastaa Gaussian-tehtävääsi ja avaa se. Tämä avaa Gabeditin pääikkunan.
  4. Valitse välilehti, joka näyttää lokitiedoston. Gabedit analyze
  5. Oikealla paneelilla näkyy erilaisia analysoitavia vaihtoehtoja.
  6. Yllä olevassa esimerkissä laskettiin värähtelytaajuudet. Nämä tulokset voidaan tutkia valitsemalla Dens. Orb, joka avaa Gabedit: Orbitals/Density/Vibration ikkunan.
  7. Tee hiiren oikealla painikkeella klikkaus kankaalla.
  8. Valitse Animation -> Vibration.
  9. Valitsemalla tietyn tilan taulukosta, se voidaan animoida painamalla Play.
  10. Laskettu spektri näytetään valitsemalla Vibration -ikkunasta Tools -> Draw IR spectrum.