GPU-pohjainen muotoseulonta molekyyleille

Tässä opetusohjelmassa näytetään, kuinka käyttää Schrödinger Maestro Shape -ohjelmaa 16 miljoonan rakenteen (160 miljoonan konformaation) seulontaan Molport molecular database -tietokannassa GPU:lla Puhti-palvelimella.

Molport-tietokannan valmistelu GPU-seulontaa varten kestää kaksi viikkoa, mutta koska valmisteltu muototiedosto on jo saatavilla Puhtissa, varsinaiseen molekyylin seulontaan GPU:lla kuluu vain 5-20 minuuttia.

OHJEET

Asenna Maestro paikalliselle tietokoneellesi. Yksityiskohtaiset ohjeet löytyvät Maestro-sivultamme.
Piirrä / tuo molekyyli, jolle haluat löytää samankaltaisia molekyylejä
Aja Maestro LigPrep -työkalu sille
Vie valmisteltu molekyyli Maestro-alkuperäisessä formaatissa (mae), esim. nimellä target.mae
Kopioi tiedosto Puhtiin omaan scratch-kansioosi (Vinkkejä tiedostojen kopiointiin)
Kopioi (ja muokkaa tarvittaessa) seuraava skripti nimellä gpushape.bash samaan kansioon (älä kopioi 139GB muototiedostoa)
Tämä skripti pyytää 60 minuuttia aikaa yhdelle GPU:lle, käyttää muototiedostoa sijainnista /appl/data/bio/molport-shape/MP_SHAPE.bin, käyttää target.mae hakumolekyylinä ja sijoittaa tulokset shape_test-out.maegz-tiedostoon
```
$SCHRODINGER/shape_screen_gpu run -shape_data_treatment remote \
      -shape target.mae -HOST quick-gpu -JOBNAME shape_test \
      -screen /appl/data/bio/molport-shape/MP_SHAPE.bin
```
Alusta oletus Maestro-asennus komennolla
```
module load maestro
```
...ja lähetä tehtävä ajettavaksi (huom, ei sbatch-komentoa!)
```
bash gpushape.bash
```
Kopioi tulokset paikalliselle tietokoneellesi analysointia varten