Käyttäjäkohtaisen Spack-moduulin käyttö ohjelmistojen asennuksessa

Spack on pakettienhallintaohjelma supertietokoneille, Linuxille ja macOS:lle. Sitä voidaan käyttää tieteellisten ohjelmistopakettien helppoon asentamiseen. CSC asentaa kehityspaketin, joka sisältää kääntäjät, MPI-kirjastot sekä monia muita kirjastoja ja sovelluksia Spackin avulla. CSC tarjoaa myös käyttäjämoduulin asiakkaille, joka mahdollistaa projektikohtaiset ohjelmistoasennukset Spackin avulla.

Huomautus

Spack on edistynyt työkalu ja vaatii ohjelmien kääntämisen ja linkittämisen ymmärtämistä.

Saatavilla olevat versiot

Tämä opastus olettaa, että olet Puhtilla, jossa on asennettuna spack/v0.18-user. Mahtilla on käyttäjille saatavilla kaksi Spackin versiota, spack/v0.17-user ja spack/v0.20-user. Moduuliversioita lukuun ottamatta toimintatapa on identtinen molemmissa järjestelmissä.

Spack-instanssin luominen

Ennen kuin suoritat Spack-moduulin ensimmäistä kertaa, sinun on valmisteltava asennuspaikka, joka voi sijaita joko /projappl tai /scratch levyalueilla. Sinun on myös asetettava ympäristömuuttuja, joka osoittaa Spack-instanssin sijainnin.

Esimerkiksi, jos haluat luoda Spack-instanssin /projappl hakemistoon, voit alustaa ympäristön seuraavasti:

[maijam@puhti-login11 ~]$ module purge
Seuraavat moduulit eivät purkautuneet:
  (Käytä "module --force purge" purkaaksesi kaikki):

  1) csc-tools
[maijam@puhti-login11 ~]$ export USER_SPACK_ROOT=/projappl/project_2001234/spack-instance-1
[maijam@puhti-login11 ~]$ mkdir -p ${USER_SPACK_ROOT}
[maijam@puhti-login11 ~]$ module load spack/v0.18-user
Suorita user-spack-init alustaksesi käyttäjän asennus kohteessa /projappl/project_2001234/spack-instance-1
[maijam@puhti-login11 ~]$ user-spack-init
[INFO] USER_SPACK_GROUP ei ole asetettu, käytetään oletuksena project_2001234 kohdehakemiston perusteella

Puhdistaminen ennen latausta

Ennen Spackin lataamista sinun on suoritettava module purge puhdistaaksesi kaikki oletusarvoiset ympäristön kääntäjät ja kirjastomoduulit, koska ne voivat häiritä Spackin rakennusprosessia.

Useita Spack-instansseja

Voit käyttää useita Spack-instanseja samassa projektissa. Käytettävä instanssi määritetään ympäristömuuttujalla $USER_SPACK_ROOT, joka osoittaa instanssin juurihakemistoon.

Alustaminen

Ennen kuin käytät Spack-instanssia ensimmäistä kertaa, sinun on alustettava se suorittamalla user-spack-init komento.

Spack-instanssin käyttäminen

Alustettu instanssi voidaan aktivoida purkamalla moduuliympäristö, asettamalla instanssin juuripolku ja lataamalla Spack-moduuli:

[maijam@puhti-login11 ~]$ module purge
Seuraavat moduulit eivät purkautuneet:
  (Käytä "module --force purge" purkaaksesi kaikki):

  1) csc-tools
[maijam@puhti-login11 ~]$ export USER_SPACK_ROOT=/projappl/project_2001234/spack-instance-1
[maijam@puhti-login11 ~]$ module load spack/v0.18-user
Löydetty olemassa oleva käyttäjän spack-asennus kohteesta /projappl/project_2001234/spack-instance-1

Esimerkki rakennuksesta

[maijam@puhti-login11 ~]$ spack spec -I --reuse kakoune
Input spec
--------------------------------
 -   kakoune

Concretized
--------------------------------
 -   kakoune@2021.11.08%gcc@11.3.0 arch=linux-rhel8-cascadelake
[^]      ^ncurses@6.2%gcc@11.3.0~symlinks+termlib abi=none arch=linux-rhel8-cascadelake
[^]          ^pkgconf@1.8.0%gcc@11.3.0 arch=linux-rhel8-cascadelake

spack spec komento näyttää, mitä asennettaisiin tietyn syötteen perusteella. On hyvä tapa suorittaa se ennen asennusta varmistaaksesi, että rakennus on halutun kaltainen. -I lippu käytetään paketin ja sen riippuvuuksien nykyisen asennustilan näyttämiseen, kun taas --reuse lippu käytetään hyödyntämään jo asennettuja riippuvuuksia aina kun mahdollista. Varsinainen asennus suoritetaan spack install komennolla:

[maijam@puhti-login11 ~]$ spack install --reuse kakoune
[+] /appl/spack/v018/install-tree/gcc-11.3.0/pkgconf-1.8.0-2hkydh
[+] /appl/spack/v018/install-tree/gcc-11.3.0/ncurses-6.2-n4phtn
==> Installing kakoune-2021.11.08-yh4nmfid4st4l7gsmuzqv43o6qt6ckrm
==> No binary for kakoune-2021.11.08-yh4nmfid4st4l7gsmuzqv43o6qt6ckrm found: installing from source
==> Using cached archive: /local_scratch/maijam/spack-build-project_2002567/source-cache/_source-cache/archive/aa/aa30889d9da11331a243a8f40fe4f6a8619321b19217debac8f565e06eddb5f4.tar.bz2
==> No patches needed for kakoune
==> kakoune: Executing phase: 'edit'
==> kakoune: Executing phase: 'build'
==> kakoune: Executing phase: 'install'
==> kakoune: Successfully installed kakoune-2021.11.08-yh4nmfid4st4l7gsmuzqv43o6qt6ckrm
  Fetch: 0.00s.  Build: 34.31s.  Total: 34.31s.
[+] /projappl/project_2001234/spack-instance-1/install_tree/gcc-11.3.0/kakoune-2021.11.08-yh4nmf

Spec-syntaksi

Merkkijono, joka määrittää mikä paketti tulisi asentaa (spec), voi olla vain paketin nimi, kuten yllä, mutta usein saatat haluta asentaa tietyn version, mahdollisesti tiettyä kääntäjää käyttäen ja joillakin valinnaisilla asennuslipuilla (esim. GPU-tuettu ohjelmistoversio). Spack käyttää erityistä syntaksia tämän tiedon määrittämiseen, kuten on selitetty virallisessa dokumentaatiossa.

Moduulien käyttäminen käyttäjän Spack-asennuksilla

Oletuksena Spack luo moduulitiedostot polkuun $USER_SPACK_ROOT/modules ja voit lisätä tämän polun $MODULEPATH:iin komennolla:

[maijam@puhti-login11 ~]$ module use ${USER_SPACK_ROOT}/modules

Uuden paketin asentamisen jälkeen saatat joutua regeneroimaan moduulitiedostot. Esimerkiksi:

[maijam@puhti-login11 ~]$ spack module tcl refresh kakoune

Nyt voit nähdä moduulit säännöllisillä module avail ja module spider komennoilla. Esimerkiksi kakoune editori, joka on rakennettu aiemmassa esimerkissä, voidaan etsiä ja ladata seuraavasti:

[maijam@puhti-login11 ~]$ module spider kakoune

--------------------------------
  kakoune: kakoune/2021.11.08-gcc-11.3.0-yh4n
--------------------------------

    Tämä moduuli voidaan ladata suoraan: module load kakoune/2021.11.08-gcc-11.3.0-yh4n

[maijam@puhti-login11 ~]$ module load kakoune/2021.11.08-gcc-11.3.0-yh4n